修改gff坐标而不更改CDS和外显子坐标

Question

我试图改变基因和mRNA在我的gff中的坐标。我希望像CDS和mRNA这样的其他条目不受我的代码的影响，并且仍然在我的输出中列出。我使用的代码给了我语法错误。需要知道如何才能得到所需的输出。

我的投入gff：

Chr01  xyz     gene    210262  212819  .       -       .       ID=Chr01.g13944
Chr01  xyz     mRNA    210262  212819  .       -       .       ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210262  210528  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210262  210528  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210622  210728  .       -       2       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210622  210728  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210933  212121  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210933  212121  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     212730  212819  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz    exon    212730  212819  .       -       .       ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944

期望产出：

Chr01  xyz     gene    210162  212919  .       -       .       ID=Chr01.g13944
Chr01  xyz     mRNA    210162  212919  .       -       .       ID=Chr01.g13944;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210262  210528  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210262  210528  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon4;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210622  210728  .       -       2       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210622  210728  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon3;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     210933  212121  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     exon    210933  212121  .       -       .       ID=Chr01.g13944.exon2;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz     CDS     212730  212819  .       -       0       ID=Chr01.g13944.cds;Parent=Chr01.g13944
Chr01  xyz    exon    212730  212819  .       -       .       ID=Chr01B.g13944.exon1;Parent=Chr01B.g13944

awk -F '\t' '{if ($3 ~ /gene/ || $3 ~ /mRNA/) print $1,$2,$3,$4-100,$5+100,$6,$7,$8,$9 || if ($3 ~ /CDS/ || $3 ~ /exon/) print$0}' input.gff > out.gff

Answer 1

尝试：

awk 'BEGIN{ FS=OFS="\t" }
 ($3=="gene" || $3=="mRNA"){ $4-=100; $5+=100 }1' infile

这只会改变“基因”和"mRNA“型基因组的坐标，使其他类型保持不变。