使用BCBio的GFF解析器存在的问题

Question

我正在尝试使用BCBio GFF解析器解析一个GFF文件，我得到了以下错误。有人能帮我解决这个问题吗？

回溯(最近一次调用)：

 File "gff_parse.py", line 6, in <module>
    for rec in GFF.parse(in_handle):
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 709, in parse
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 299, in parse_in_parts
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 320, in parse_simple
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 603, in _gff_process
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 634, in _lines_to_out_info
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 183, in _gff_line_map
ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'New Start'

下面是我的代码：

from BCBio import GFF    
in_file = "infile.gff"    
in_handle = open(in_file)
for rec in GFF.parse(in_handle):
    print rec
in_handle.close()

谢谢图利卡

Answer 1

您是如何生成GFF文件的？它似乎至少包含一个无效的行。第四列应该包含一个特征的起始坐标的整数；错误信息指出它包含值'New Start‘。

GFF3 specification page有一些有效的GFF示例，online validator可以帮助调试像这样的格式化问题。