从MISA处理gff文件

Question

用motif长度替换床文件中的整列

我使用MISA挖掘STR，并从gff文件中收集数据，生成包含5列的床文件。染色体起始?端？？模长?母题。但第四栏显示了重复我的床文件示例的时代

我想把第四列换成母题长度。

for i in perfect.SSR_MISA.bed; do awk '{OFS="\t"} n=$5 q=$(expr length "$n") {print $1, $2, $3, q, $5}' >> perfect.SSR_MISA.bed; sleep 1; done

我试过这个但是它不起作用

Answer 1

1. 不要使用循环，只需使用文件作为参数。awk会在线路上自动循环
2. 长度表达式是错误的，请参见：https://riptutorial.com/awk/example/17378/length--string--
3. 输入和输出不要使用相同的文件名。这将只会清空输入文件。

awk '{OFS="\t"} q=length($5) {print $1, $2, $3, q, $5}' perfect.SSR_MISA.bed > perfect.SSR_MISA.result.bed