shell中的Sed函数应用于目录中的所有.gff文件

Question

我正在处理.gff3文件，试图删除目录中许多文件底部的重叠群序列。重叠群序列用##FASTA与文件的其余部分分开，我希望删除下面的所有内容(DNA序列，FASTA格式)。

此脚本适用于一个文件：

sed '/^##FASTA$/,$d' file1.gff > file1_altered.gff

但是当我尝试将它应用于目录中的所有文件时，我失败了，如下所示：

for F in directory/input/*; do
   N=$(basename $F) sed '/^##FASTA$/,$d' ${F} > directory/output/$N.gff
done

感谢任何帮助！

Answer 1

您在以下位置缺少分号

..。它的编写方式是它只有一次赋值，即

在重定向中使用时为空。

您可以避免使用

完全如果您使用shell的内置字符串处理：

删除最长的左侧匹配部分

..。

for F in directory/input/*; do
   sed '/^##FASTA$/,$d' "${F}" > "directory/output/${F##*/}.gff"
 done