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我需要用进行limma的RNA-Seq分析，我已经在两种情况下(没有复制)的61810份转录本的归一化计数数据，即一个61810*2矩阵。
浏览 3修改于2014-02-14得票数 0
我正在编写一个脚本，使用星形对齐器将fastq文件映射到参考基因组。下面是我的代码：#$ -N DT_STAR#$ -pe openmp 8
STAR --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --r
浏览 0提问于2017-10-10得票数 0
任何人都知道RNA-seq数据的质量控制工具，它检查与基因编码外显子对齐的读取数与与内含子或基因间隔区对齐的读取数的比率。
谢谢你的帮助
浏览 5提问于2018-03-20得票数 0
我知道当我们运行一个以两个通道为输入的进程时，我们必须使用collect()，其中第一个通道有一个元素，然后第二个通道有>1个元素： #! /usr/bin/env nextflow
val(input1)
path 'index.txt', emit: foo
"""
浏览 13提问于2021-06-26得票数 1
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我正在使用这个代码，但仍然看到该基因的负值正在上升。 DEGdf <- mutate(data, sig=ifelse(data$pvalue<=0.05 & data$log2FoldChange>=2 | data$pvalue>0.05 & data$log2FoldChange<2, "up", "down")) 请看附件中的图片。任何帮助都将不胜感激。 enter image description here
浏览 96提问于2021-04-02得票数 1
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所以，原则上归一化一个原始计数RNAseq文件是非常简单的…如何/从哪里导入基因长度并将其与集成ID进行匹配？我使用来自cpm值的EdgeR rpkm，它返回“rpkm.default(x_cpm)中出错:缺少参数"gene.length”，没有默认值“
浏览 10提问于2020-06-05得票数 0
我正在描绘肿瘤微环境，我想展示我发现的不同亚群之间的相互作用。例如，我有一个受体和配体的列表，我想证明A群体表达配体1，C群体表达受体1，所以这两个群体之间可能存在通过配体-受体1表达的相互作用。我发现了一个在RStudio中使用的工具，叫做BUS- gene.similarity:计算
浏览 4修改于2019-04-04得票数 0
我有两个数据：现在我想找出来自df2的哪些基因存在于df1中，在df1中添加一个新的列，用1标记/高亮显示匹配的基因，用0标记不匹配的基因。我希望我自己解释一下，如果不是这样的话，让我知道
浏览 0修改于2022-10-18得票数 1
我想使用snakemake来编写我的RNA-seq管道，但它总是报告相同的errors.It使我恼火！ 下面显示了当前文件夹中的整个文件。
浏览 5提问于2019-04-25得票数 1
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我试图用ggplot绘制一个条形图，每个桶有2个值(折叠来自RNA和qPCR实验的更改值)：a 1.02 RNA-Seq 0c 1.63 RNA-Seq 0e 0.81 RNA-Seq 0g1.27 RNA-Seq 0
h 1.72 RNA-
浏览 3提问于2015-07-16得票数 1
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204 60-15 Corrected no Small RNA-seq0 60-30 Corrected yes Small RNA-seq0 60-
浏览 37提问于2019-06-25得票数 1
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5a5faa4f8b91277fde0212b1"), "GSE86910" "title" : [ ], "The developing erythroid cerythroid cells, and performed RNA-seq</em
浏览 1修改于2018-02-26得票数 0
我正在使用snakemake设计一个RNAseq-数据分析管道。虽然我设法做到了这一点，但我希望使我的管道尽可能具有适应性，并使它能够在相同的分析运行中处理单读( SE )数据或配对( PE )数据，而不是在一次运行中分析SE数据，而在另一次运行中处理PE数据。提供一个文件(SE数据)或两个文件(PE数据)的数据集somecommand -i {input} -o {output}2 1输入：输入：somecommand -i1 {input1} -i2 {inp
浏览 2修改于2020-08-09得票数 2
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用这句话：我们希望得到所有可能的连续单词对。'quantifying mammalian', 'transcriptomes RNA-Seq
浏览 0修改于2011-11-14得票数 3
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下面是输出：/scratch/rists/djiao/Pancancer/RNA-seq/CESC/TCGA-BI-A0VS-01A-11R-A10U-07
当我进入python交互式会话并输入os.path.isdir("/scratch/rists/djiao/Pancancer/RNA-seq/CESC/TCGA-BI-A0VS-01A-11R-A10U-07")，时，它返回&qu
浏览 0提问于2014-07-26得票数 6
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当试图用docker pull alexdobin/star提取RNA-seq对齐星的官方图像时
错误如下：
Error response
浏览 5提问于2021-03-25得票数 0
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我正在使用R包bioconductor，limma edgeR进行rna-seq表达分析。我有一个featureCounts函数返回的DGElist。
浏览 1修改于2015-09-18得票数 0
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