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问RNA-seq -R-如何将基因长度导入RPKM计算的日期集
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Stack Overflow用户

提问于 2020-06-05 04:42:23

回答 1查看 348关注 0票数 0

所以，原则上归一化一个原始计数RNAseq文件是非常简单的…

但是我的原始计数文件并不伴随着基因长度。

如何/从哪里导入基因长度并将其与集成ID进行匹配？我使用来自cpm值的EdgeR rpkm，它返回

x_rpkm <- rpkm(x_cpm)

“rpkm.default(x_cpm)中出错:缺少参数"gene.length”，没有默认值“

谢谢

发布于 2020-06-05 04:54:41

在计算每个基因的读数时，您应该使用'.gtf‘或'.gff’文件。首先使用GenomicFeatures库将该文件加载到R中。

library("GenomicFeatures")
gtf_txdb <- makeTxDbFromGFF("example.gtf")

然后，再次从GenomicFeatures库中使用基因函数将导入的gtf中的基因列表作为GRanges对象获取。

gene_list <- genes(gtf_txdb)

如果您随后将基因列表转换为data.frame，您将获得每个基因的一系列信息，包括长度。

gene_list <- as.data.frame(gene_list)

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/62203765

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