读取fastq文件时出现RNA-seq星形对齐错误

Question

我正在编写一个脚本，使用星形对齐器将fastq文件映射到参考基因组。下面是我的代码：

#!/bin/bash
#$ -N DT_STAR
#$ -l mem_free=200G
#$ -pe openmp 8
#$ -q bio,abio,pub8i

module load STAR/2.5.2a


cd /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017

mkdir David_data1


STAR  --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq 
/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read2.fastq --runThreadN 8 --outFileNamePrefix "David_data1/DT_1"`

我一直收到这个错误信息

由于致命输入错误而退出:无法打开readFilesIn=/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq

有没有使用过STAR的经验？我不明白为什么它不能打开我的已读文件。

Answer 1

STAR和--genomeDir之间的第二个空格字符是语法错误。应该只有一个。

另一件事是参数--outFileNamePrefix "David_data1/DT_1"

您确定它采用了一条用引号括起来的路径吗？此外，如果您尚未手动创建目录DT_1，则必须首先在David_data1中创建该目录。此外，路径前面总是必须有一个/。

--outFileNamePrefix /David_data1/DT_1/

另外，你的STAR_Index文件夹里有没有子目录？因为我总是需要像这样设置genomDir参数：

--genomeDir path/to/STAR_index/STARindex/hg38/ 

这条消息是在语法错误之后出现的，所以我希望它能起作用，如果你尝试这样做的话：

#!/bin/bash
#$ -N DT_STAR
#$ -l mem_free=200G
#$ -pe openmp 8
#$ -q bio,abio,pub8i

module load STAR/2.5.2a


cd /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017

mkdir David_data1
cd David_data1
mkdir DT_1
cd ..


STAR --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq 
/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read2.fastq --runThreadN 8 --outFileNamePrefix /David_data1/DT_1/