在RNA-seq数据中看到负的log2FC正在上升

Question

我正在使用这个代码，但仍然看到该基因的负值正在上升。

DEGdf <- mutate(data, sig=ifelse(data$pvalue<=0.05 & data$log2FoldChange>=2 | data$pvalue>0.05 & data$log2FoldChange<2, "up", "down")) 

请看附件中的图片。任何帮助都将不胜感激。

enter image description here

Answer 1

对于每个逻辑表达式块，在()中进行包装可能会更好，而且我们不需要在tidyverse函数中使用data$ (它可以在未分组的数据中工作，但如果数据是分组的，那么它将获取整个列，而不是组中列的值)。在复合逻辑表达式中，带有log2FoldChange < 2的第二个表达式可以是log2FoldChange < -2

原因是

with(data, (pvalue > 0.05 & log2FoldChange < 2))
#[1] FALSE FALSE  TRUE  TRUE

对于这两种情况返回TRUE，因此在ifelse中，选择了'yes‘选项，即'up’。如果我们将其更改为-2，它可能会起作用

library(dplyr)
data %>%
      mutate(sig = ifelse((pvalue <= 0.05 & log2FoldChange >= 2)|
          (pvalue > 0.05 & log2FoldChange < -2), "up", "down"))

-output

# log2FoldChange      pvalue  sig
#1       -3.55780 0.000081500 down
#2       -3.40030 0.002576522 down
#3       -0.76560 0.116639300 down
#4       -1.01844 0.131739900 down

数据

data <- structure(list(log2FoldChange = c(-3.5578, -3.4003, -0.7656, 
-1.01844), pvalue = c(8.15e-05, 0.002576522, 0.1166393, 0.1317399
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))