Limma RNA-Seq分析:使用voom

Question

我需要用进行limma的RNA-Seq分析，我已经在两种情况下(没有复制)的61810份转录本的归一化计数数据，即一个61810*2矩阵。我的“设计”模型矩阵是：

(Intercept) sampletypestest
1           1               0
2           1               1

attr(,"assign")

[1] 0 1

attr(,"contrasts")

attr(,"contrasts")$sampletypes

[1] "contr.treatment

当我在data：diff.exp <- voom(data,design)上使用diff.exp <- voom(data,design)时，会出现以下错误：

  Error in approxfun(l, rule = 2) : 
  need at least two non-NA values to interpolate

有人能告诉我这里有什么问题吗？

Answer 1

声音(更一般地说是角膜缘)需要复制。语音的总体目的是估计均值-方差关系。如果在任何一组中都有任何复制，它就会工作。但是你没有任何复制，所以你不能估计任何差异，所以一个错误是不可避免的。