箱体中间的ggplot中的错误条

Question

我试图用ggplot绘制一个条形图，每个桶有2个值(折叠来自RNA和qPCR实验的更改值)：

Gene    FC  expt    se
a   1.02    RNA-Seq 0
b   2.79    RNA-Seq 0
c   1.63    RNA-Seq 0
d   0.84    RNA-Seq 0
e   0.81    RNA-Seq 0
f   1.45    RNA-Seq 0
g   1.27    RNA-Seq 0
h   1.72    RNA-Seq 0
i   2.52    RNA-Seq 0
a   0.84    qPCR    0.16
b   1.92    qPCR    0.15
c   1.14    qPCR    0.78
d   0.47    qPCR    0.76
e   0.95    qPCR    0.26
f   0.32    qPCR    0.51
g   0.92    qPCR    0.39
h   0.97    qPCR    0.61
i   1.73    qPCR    0.77

我的RNA值没有错误条。因此，我想用以下方式绘制一个条形图：

• 只扩展的错误条
• 只适用于q-PCR条的错误条

我不知道我的代码(或输入格式)哪里出错了：

df <- read.table("stack.txt", header=TRUE)
limits <- aes(ymax = FC + se, ymin = FC)
dodge <- position_dodge(width = 0.9)

ggplot(data=df, aes(x=Gene, y=FC)) +
geom_errorbar(limits, position = dodge, width = 0.25) +
geom_bar(aes(fill=expt),colour="black", stat="identity", position = dodge)

它产生：

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正如您所看到的，错误条位于每个回收站的中间，而不是在每个栏的中间。如有任何建议或评论，我们将不胜感激！

Answer 1

当您将group参数添加到aes时，您将得到所需的结果：

ggplot(data=df, aes(x=Gene, y=FC, fill=expt, group=expt)) +
  geom_bar(colour="black", stat="identity", position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_errorbar(aes(ymax = FC + se, ymin = FC, group=expt),
                position = position_dodge(width = 0.9), width = 0.25)

这意味着：

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