RNA-Seq质量控制工具寻找不同基因组区域的比对读数

Question

任何人都知道RNA-seq数据的质量控制工具，它检查与基因编码外显子对齐的读取数与与内含子或基因间隔区对齐的读取数的比率。

谢谢你的帮助

Answer 1

我在R中使用了与Rsubread包捆绑的featureCounts工具。评估测序的质量可以高度依赖于测序方法，但如果这是您确定的指标，您可以很容易地比较基因间和外显子。