如何从rpy2访问复杂的R数据结构字段

Question

我正在使用R包bioconductor，limma edgeR进行rna-seq表达分析。我有一个featureCounts函数返回的DGElist。如何使用rpy2在python中访问此DGElist的字段？

我做了A=r("X<-featureCounts(...)")，但当我做A["X"]时，我看不到R中显示的字段，谢谢！

Answer 1

大多数生物导体物体都在使用R的S4系统。

您可以依赖相关R包中定义的访问器函数，也可以直接访问插槽。

这里有关于使用rpy2的S4的文档：http://rpy2.readthedocs.org/en/version_2.7.x/generated_rst/s4class.html

否则，这里的具体问题是您在R全局环境中定义X。您将需要查看rpy2的介绍。