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我试图使用gatk重新校准我的vcf，但始终得到一个错误“非法参数值:提供了位置参数”。但我不知道这意味着什么，也不知道如何纠正它！这是我的电话： -R "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38hapmap,known=false,training=true,truth=true,prior=
浏览 11修改于2021-12-10得票数 0
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我用gatk HaplotypeCaller和-ERC GVCF选项生成了大约400个GVCF文件。我现在想把它们结合起来，进行下游基因分型和变异再校准。我相信我可以和gatk CombineGVCFs结合。gatk CombineGVCFs \ --variant sample1.g.vcf.gz \
--variant sample2.g.vcf.gz
浏览 19提问于2021-12-13得票数 1
我用bwa对齐读取，用gatk调用变体。gatk需要为参考基因组创建一个dict，bwa需要创建索引。当我对它们都使用触摸时，我会得到以下错误：Rules bwa_index and gatk_refdict are ambiguous for theExpected input files: gatk_refdict: ref.fastarule bwa_indexinput:
浏览 5修改于2020-10-26得票数 0
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我是新手使用snakemake，我有一个问题，当做步骤gatk VariantRecalibrator在snakemake上，它产生了错误，但脚本可以运行没有错误时，蛇的格式。rscript="VCFs/{name}.output.plots.R".format(name=NAME) shell: "gatk{output.recal} \ --rscrip
浏览 62修改于2020-10-05得票数 0
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我似乎无法让GATK识别可用线程的数量。我正在conda环境中运行GATK (4.2.4.1)，这是我正在编写的nextflow (v20.10.0)管道的一部分。无论出于什么原因，我都无法让GATK看到不止一个线程。我尝试过不同的节点类型，增加和减少可用cpus的数量，使用taskset提供java参数(如taskset)，但它总是只检测到1。---------------------------------
12:10:00.695 INFO HaplotypeCaller - The Genome Analysis Toolkit
浏览 14提问于2022-02-09得票数 0
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我正在尝试安装mutect，并且按照README.md中的指示，我已经克隆了gatk，并尝试执行'mvn -Ddisable.queue安装‘。但我得到了以下问题。to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.1:compile (compile-java) on project gatk-frameworkto execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:3.1:compile (comp
浏览 6修改于2021-04-13得票数 0
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我让HaplotypeCaller在标准模式下工作得很好，如下所示：gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller# Haplytype caller with allele-specific annotations
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
浏览 6提问于2022-01-20得票数 0
我试图在从两个原始文件中合并的一些BAM文件上运行GATK (相同的示例在两个通道上被排序，以最大限度地增加读取数量)。还是简单地在合并到与GATK兼容的东西之后重新开始呢？似乎无论合并前头中的@RG字段是什么，合并的文件都会根据两个输入文件的名称使用不同的RGs读取。我也不确定GATK DepthOfCoverage想要什么作为阅读组的输入。它想要一个所有读取的单一RG吗？在这种情况下，我应该使用与samtools合并不同的东西吗？
谢谢你能帮我的忙。
浏览 11提问于2014-07-08得票数 0
我在gatk4中为CombineGVCF写了一条规则。interval_list", extra = "--variant", prefix+"/vcf/cohort.g.vcf", "gatk我现在得到的命令如下所示 gatk CombineGVCFs -R /data/refgenome/hg38.fa --variant /data&#
浏览 103修改于2021-09-16得票数 2
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我只想知道名为dockstore-tool-samtools-index的docker图像是否包含GATK/BWA或Cromwell等基因组工具，该图像可在此处提供"“，并作为谷歌基因组学API (pipelines.create
浏览 5修改于2021-09-09得票数 0
我正试图在google中运行GATK最佳实践管道，并获得以下错误gcloud alpha genomics pipelines run \--regions us-central1 \WORKFLOW_INPUTS=${GATK_GOOGLE_DIR}&#
浏览 3修改于2019-02-07得票数 0
我有一个文件input.list/scratch/user/IFS/IFS002/IFS002.GATK.recal.bam/scratch/user/EGS/ZFXHG22/ZFXHG22.GATK.recal.bam
我想在.GATK.recal.bam之前提取这个位--我找到
浏览 5提问于2021-07-22得票数 1
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GATK_Illumina.Zygosity GATK_Illumina.Depth GATK_Illumina.RefCount GATK_Illumina.AltCount GATK_Illumina.FilterID总是链接到Callers列，也就是说，如果调用者是GATK_Illumina，那么ID将在GATK_Illumina.samples中，如果Callers列是GATK_Illumina,GATK_SOL
浏览 2修改于2018-12-21得票数 1
(MuTectWalker.java:664) at org.broadinstitute.sting.gatk.traversals.TraverseLoci.traverse(TraverseLoci.java:18)at org.broadinstitute.sting.gatk.executive.LinearMicroScheduler.execute(Li
浏览 3修改于2017-01-25得票数 1
我正在使用一个作为docker镜像分发的工具(gatk)，并尝试在shell脚本中使用它的命令。我在分离模式下运行docker。sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0 然后，我从shell/bin/bashwait
docker exec my
浏览 39提问于2021-07-17得票数 0
/bin/bashfor i in 1 2 3 4 5 6 7 for o in A B D do -R /storage/ppl/wentao/GATK_R_index-O GATK/HaplotypeCaller
浏览 0修改于2019-07-12得票数 1
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我用snakemake来描述GATK管道。我需要运行以下命令：
./../gatk-4.1.3.0/gatk --java-options ""-Xmx7680m"" GatherBQSRReports -I file1 -I file2 -I file3 -O output/gatk-4.1.3.0/gatk --java-options ""-Xmx7680m"" G
浏览 2提问于2021-06-02得票数 1
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time samtools index samtools/sort/approachAsortedstettler.bamecho "finished indexing"
waittime samtools index GATK/MarkDuplicatesu in _part1
浏览 0修改于2019-07-04得票数 1
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考虑文件testbam.txt
/groups/cgsd/alexandre/gatk-workflows/src/exomesinglesample_out/bam/pfg001G.GRCh38DH.target.bam/groups/cgsd/alexandre/gatk-workflows/src/exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target
浏览 13提问于2021-03-08得票数 0
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我有一个名为path_text.txt的文件，它的内容是由换行符分隔的两个字符串：/gp/oi/eu/gatk/inputs/NA12878_24RG_small.hg38.bam["/gp/oi/eu/gatk/input
浏览 16提问于2020-11-12得票数 1
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