dockstore-tool-samtools-index是否已经配置了GATK/BAM/Chromwell？

Question

我只想知道名为dockstore-tool-samtools-index的docker图像是否包含GATK/BWA或Cromwell等基因组工具，该图像可在此处提供"https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index“，并作为谷歌基因组学API (pipelines.create)的输入。任何关于这方面的帮助都将不胜感激。

谢谢。

Answer 1

它似乎不包含这些额外的工具：https://github.com/CancerCollaboratory/dockstore-tool-samtools-index/blob/master/Dockerfile

检查方法如下：

1. 在https://dockstore.org/search-containers.
2. Click上感兴趣的容器所在行的"GitHub“链接上查找docker容器。
3. 读取Dockerfile的内容以查看图像将包含的内容。

Answer 2

Docker镜像的一个方面是，他们通常只尝试在其上安装一个特定的工具。这样，图像就可以像模块一样使用，从而保持图像尽可能小。

上面Nicole提供的Dockstore搜索链接中列出了安装了BWA的图像。Cromwell通常启动Docker容器，而不是安装在Docker镜像上，因为它更像是工作流管理系统。随时欢迎您使用首选安装的软件包创建自己的自定义映像，以满足您的需求。

希望能有所帮助，

保罗