从bash脚本运行docker

Question

我正在使用一个作为docker镜像分发的工具(gatk)，并尝试在shell脚本中使用它的命令。我在分离模式下运行docker。

sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0

然后，我从shell脚本运行命令

#!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
wait
docker exec my_container gatk command2

command2需要来自command1的输入，所以我使用了wait，但在命令1完成之前，仍然会执行command2。我也试过了

#!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
docker wait my_container
docker exec my_container gatk command2

但是，在command1完成后，该脚本不会继续运行。

Answer 1

您可以在一个快照中同时运行这两个命令：

docker run image /bin/bash -c "gatk command1 && gatk command2"

Answer 2

我设法解决了这个问题。问题是，当我运行docker exec时，我没有将其定义为从shell接收输入。将-i标志添加到docker exec解决了此问题。这是完整的解决方案。

我在分离模式下启动docker

sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0

现在我可以关闭终端，docker容器已经启动并运行，我可以在新的终端中使用它。我用以下代码生成了一个名为myscript.sh的bash脚本。

#!/bin/bash
docker exec -i my_container gatk command1
wait
docker exec -i my_container gatk command2

我运行脚本，否认它并关闭终端。

./myscript.sh&disown;exit