如何将sed命令放入while循环？

Question

希望有人能帮我！

我有一个文件input.list

/scratch/user/IFS/IFS001/IFS003.GATK.recal.bam
/scratch/user/IFS/IFS002/IFS002.GATK.recal.bam
/scratch/user/EGS/ZFXHG22/ZFXHG22.GATK.recal.bam

我想在.GATK.recal.bam之前提取这个位--我找到了一个解决方案：

sed 's/\.GATK\.recal\.bam.*//' input.list | sed 's@.*/@@' 

我现在想把它合并到want循环中，但是它不起作用.请有人看一看我做错了什么。我的尝试如下：

while read -r line; do ID=${sed 's/\.GATK\.recal\.bam.*//' $line | sed 's@.*/@@'}; sbatch script.sh $ID; done < input.list

为轻松的Q道歉..。

Answer 1

您可以直接使用bash (如果您正在使用该shell；ksh93和zsh非常相似)可以这样做，不需要sed：

while read -r line; do
    id="${line##*/}" # Remove everything up to the last / in the string
    id="${id%.GATK.recal.bam}" # Remove the trailing suffix
    sbatch script.sh "$id"
done < input.list

至少，您可以在每行使用一个sed调用：

id=$(sed -e 's/\.GATK\.recal\.bam$//' -e 's@.*/@@' <<<"$line")

或者使用普通的sh

id=$(printf "%s\n" "$line" | sed -e 's/\.GATK\.recal\.bam$//' -e 's@.*/@@')

Answer 2

您可以使用sed命令的输出作为循环的输入：

sed 'COMMAND' input.file | while read -r id ; do
    some_command "${id}"
done

也可以使用xargs来代替循环：

sed 'COMMAND' input.file | xargs -n1 some_command

ps: GNU支持以命令的形式执行s操作的结果。出于可移植性的原因，我不建议在生产中使用这种方法，但值得提及的是：

sed 's/\(.*\)\.GATK\.recal\.bam.*/sbatch script.sh \1/e' input.file