gcloud.alpha.genomics.pipelines.run -没有这样的文件或目录：“wdl_pipeline.yaml”

Question

我正试图在google中运行GATK最佳实践管道，并获得以下错误

下面是gcloud命令：

gcloud alpha genomics pipelines run \
--pipeline-file wdl_pipeline.yaml \
--regions us-central1 \
--inputs-from-file WDL=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.wdl,\
WORKFLOW_INPUTS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.hg38.inputs.json,\
WORKFLOW_OPTIONS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.options.json \
--env-vars WORKSPACE=${GATK_OUTPUT_DIR}/work,\
OUTPUTS=${GATK_OUTPUT_DIR}/output \
--logging ${GATK_OUTPUT_DIR}/logging/

错误：(gcloud.alpha.genomics.pipelines.run)无法读取文件wdl_pipeline.yaml: Errno 2没有这样的文件或目录：“wdl_pipeline.yaml”

Answer 1

更新WDL Runner存储库位置已更改。https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk的教程已经更新。

如果您正在https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk上学习本教程，请确保在第4步中更改目录。它告诉您，wdl文件不在您所在的目录中。