运行带有等位基因特定注释的gatk HaplotypeCaller时出错

Question

我让HaplotypeCaller在标准模式下工作得很好，如下所示：

# Run haplotypcaller
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
      --intervals "$INTERVALS" \
      -R "$REF" \
      -I "$OUT"/results/alignment/${SN}_sorted_marked_recalibrated.bam \
      -O "$OUT"/results/variants/${SN}_g.vcf.gz \
      -ERC GVCF

但是，当我尝试在等位基因特定的模式，我得到以下错误。我所做的就是按照建议的-G在末尾添加这里注释。

# Haplytype caller with allele-specific annotations
gatk --java-options "-Xmx4g" HaplotypeCaller \
      --intervals "$INTERVALS" \
      -R "$REF" \
      -I "$OUT"/results/alignment/${SN}_sorted_marked_recalibrated.bam \
      -O "$OUT"/results/variants/${SN}_g.vcf.gz \
      -ERC GVCF \
      -G Standard \
      -G AS_Standard

以下是错误：

***********************************************************************

A USER ERROR has occurred: Unrecognized annotation group name: Standard

***********************************************************************

Answer 1

我认为这些选项应该是：-G StandardAnnotation

-G AS_StandardAnnotation

至少，当我将它们更改为那个时，它不会抛出错误消息。

然而，我并没有经常使用GATK，所以我不确定这是否正确。我已发布在相关的宽页面，所以更多的信息可能会出现在那里。