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我被要求从事蛋白质结构可视化的工作，就像RasMol一样，用户可以打开pdb文件来获取蛋白质结构。
如何从pdb文件生成蛋白质结构？我想用Python语言编写代码，并可视化我应该使用OpenGL还是VTK的结构？在这方面，有没有其他的模块可以帮助我？
浏览 5修改于2012-02-25得票数 5
我正在研究蛋白质结构的蒙特卡罗模拟脚本。我以前从来没有做过蒙特卡洛脚本。我将大规模地扩展这个项目。根据蛋白质xyz坐标，我必须定义盒子的大小。pacord = [x1,y1,z1] # random point coordinates我完全震惊于从蛋白质结构的
浏览 1修改于2018-03-04得票数 12
是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所使用的改进软件。
浏览 6提问于2016-08-17得票数 0
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我知道这个问题不适合这个平台，但我可以尝试一下如果我能得到一些提示，
我一直在试图描绘蛋白质结构的自由能景观("Chignolin")。我完全想不出怎么做了！！
浏览 1提问于2021-02-05得票数 0
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作为我们在公共服务器(例如genbank)上管理所有已知文件的努力的一部分，我遇到的一个问题是许多(~50%)所有已解决的结构没有根据蛋白质进行编号。
浏览 0提问于2011-05-13得票数 5
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我想使用Chimera可视化的PDB中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习合适的工具和方法。·将蛋白质表面存在的氨基酸信息映射到序列特别是第二个，它看起来可以用Chimera的“库仑表面着色”来完成。
浏览 0提问于2020-07-10得票数 0
我的工作是将DNA序列转换为蛋白质序列。这是一个小错误，所以不要认为我没有做任何事情，并投下赞成票。我被困在这里是因为我对c结构是新手。我想知道为什么结构会降低它，还是这是我的错误？因为我被困在这里StopStop
浏览 1修改于2012-10-25得票数 1
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我一直试图搜索AlphaFold蛋白质结构数据库的搜索结果，但是在刮取结果中找不到想要的信息。Alpha-elapitoxin Oh2b”放在搜索栏中，然后点击搜索按钮，它将生成一个新页面，其中的网址是：，在google中，我使用“检查”来检查这个页面的代码，并找到我想要的搜索结果，也就是这个蛋白质的
浏览 2提问于2022-11-12得票数 1
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我有一个PDB文件'1abz‘()，包含有23个不同模型(编号为模型1-23)的蛋白质结构的坐标。请忽略标题注释，有趣的信息从第276行开始，上面写着“型号1”。我不知道如何使用Biopython，所以我试着用Pandas计算出平均坐标。
浏览 3修改于2018-06-28得票数 5
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我尝试在matplotlib (表示蛋白质二级结构)中，在图的y轴旁边绘制箭头和矩形，如下所示： ? 我从here得到了箭头部分，但我不知道如何在y轴之外绘制它。
浏览 39修改于2020-01-10得票数 3
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；数字)’来消除所有的东西：
在所有生物中，从细菌到人类，DNA和染色质总是与结合蛋白联系在一起，这些结合蛋白组织着它们的结构</e
浏览 5提问于2017-03-30得票数 1
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我有一个蛋白质网络加载到细胞角。我想让网络节点形成一个对应于蛋白质形状/结构的形状。这样我就可以把网络图像叠加到蛋白质结构图像上。我试过RINanalyzer和structureviz2，但是没有用。
浏览 2提问于2017-04-10得票数 0
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我用蛋白质登录号给他们编了索引。问题是，它们是重复的，因为有些蛋白质由多个结构域组成。我想让蛋白质的加入号成为主要条目(并且它有多少个域的信息- domain_count)和这些蛋白质的结构域是子条目。
浏览 2修改于2022-10-12得票数 0
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我想把蛋白质的结构分解成20个相同大小的块，蛋白质的结构是这样的
MASTEGANNMPKQVEVRMHDSHLGSEEPKHRHLGLRLCDKLGKNLLLTLTVFGVILGAVCGGLLRLASPI
浏览 4修改于2019-10-17得票数 0
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我正在尝试实现一个使用pyqt5的应用程序，我希望在应用程序窗口中使用nglview显示蛋白质结构，可以这样做吗？如果是，有没有人可以建议如何在不使用jupyter显示蛋白质结构的情况下将nglview嵌入到pyqt5或任何类似的软件包中？
浏览 5修改于2021-05-04得票数 1
我试图通过一个基因id (GI)号从NCBI中获取蛋白质序列，使用Biopython的Entrez.fetch()函数。我可以打印结果，但是我不知道如何单独获得蛋白序列。我的问题：是否可能只检索蛋白质序列，而不是整个XML？或者，考虑到XML文件的结构可能因蛋白质而异，我如何从XML文件中提取蛋白质序列？
谢谢
浏览 2修改于2013-11-25得票数 2
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我想从任何蛋白质数据库中提取蛋白质序列和它们相应的二级结构，RCSB说。我只需要短序列和它们的二级结构。就像，即使序列很长，它也很好，但我希望在结尾处有一个标记来表示它的二级结构。是否有任何编程工具或任何可用于此的工具。
正如我上面所展示的，我只想要这么少的信息。
浏览 3提问于2017-04-03得票数 0
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具体来说，我需要代表一些关于蛋白质的信息，我需要包含的信息是与它们的功能相关的术语。例如，这些值包含在相同的属性“Function”上：而这些术语的多样化程度也很大。
浏览 2提问于2013-05-20得票数 2
我正在做一个涉及蛋白质相互作用网络聚类的项目，在相互作用的蛋白质图上做了几个聚类算法，我有点困惑，现在我要如何去看看所创建的集群是否有用。为了将其纳入上下文，蛋白质相互作用网络代表了蛋白质与参与相同生物过程或共同履行特定功能的相互作用蛋白质群之间的成对连接。这是很重要的，因为许多蛋白质和相互作用是没有标记的，因此，如果某个特定的标记蛋白在一个簇中，就可以推断它们的功能。与典型的有监督机器学习任务不同的是，标记数据集可以显示正确分组的数目，因此没有迹象表明蛋白</
浏览 1提问于2015-12-10得票数 0
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