用python解析PDB头信息(蛋白质结构文件)？

Question

是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？

可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所使用的改进软件。

我看过Biopython，但他们在FAQ中明确表示：“如果您对PDB头文件的数据挖掘感兴趣，那么您可能想看看其他地方，因为对此的支持有限。”

我很清楚，从mmCIF文件中提取这些信息要容易得多，但不幸的是，这些信息仍然不是许多大分子结晶学程序的常规输出。

Answer 1

到目前为止，我找到的最好的方法是使用pdb_extract (http://pdb-extract.wwpdb.org/，在线或独立)将PDB文件转换为mmcif格式。

可以使用Biopythons Bio.PDB模块解析mmcif文件。向mmcif-file写入数据有点麻烦，Python PDBx似乎工作得相当好。

这个工具和其他有用的PDB-/mmcif-工具可以在http://mmcif.wwpdb.org/docs/software-resources.html上找到

Answer 2

也许你应该试试那个库？https://pypi.python.org/pypi/bioservices