首页问题标签用户未回答仅提取蛋白质结构数据表面的氨基酸残基

Question

我想使用Chimera可视化的PDB中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习合适的工具和方法。

·将蛋白质表面存在的氨基酸信息映射到序列

·找出暴露在表面的氨基酸的电荷，并根据它们的值对氨基酸分子应用颜色渐变

特别是第二个，它看起来可以用Chimera的“库仑表面着色”来完成。但是我不确定在颜色下面输入什么类型的值，以及如何找到它，这是添加渐变所需的。

很抱歉我的英语不好。

Answer 1

至于第一部分，您需要选择“表面上”的定义，这可能类似于溶剂可访问的表面积，然后编写一个脚本，根据这个指标找到所有超过特定阈值的氨基酸。Chimera在"sequence“窗口中高亮显示选定的氨基酸，因此如果您的脚本选择了超过阈值的所有内容，则会将它们高亮显示。

至于第二部分，所有的氨基酸要么是中性的，要么是带正电荷的，要么是带负电荷的，其中“带电”实际上是指“当它们电离时”。根据pH和局部环境的不同，它们实际被电离(因此带电)的时间百分比也不同--尽管通常除了组氨酸(它在生理pH附近电离)和半胱氨酸之外，大多数带电的氨基酸在细胞内都是显著电离的。但是所有负的氨基酸都有一个-1的电荷，所有的正的氨基酸都有一个+1的电荷，没有-2或+2或更高的电荷。所以，当你绘制你所说的“梯度”时，你绘制的是蛋白质表面某一给定点的电位，这是由附近所有带电氨基酸的总和效应产生的，根据库仑定律的一种修改形式，根据库仑定律的修改形式，该定律考虑了水的屏蔽效应(这是非常重要的)。

将电位大小映射到颜色的数值是任意的，这是一个清晰度和美学品味的问题--您想要设置它们，以便将表面上的值映射到尽可能多的颜色范围，而不会在两端“修剪”太多的极值，以便捕获所有变化的范围。这仅仅是通过试验和错误来找到的。