蛋白质结构可视化

Question

我被要求从事蛋白质结构可视化的工作，就像RasMol一样，用户可以打开pdb文件来获取蛋白质结构。

如何从pdb文件生成蛋白质结构？

我想用Python语言编写代码，并可视化我应该使用OpenGL还是VTK的结构？在这方面，有没有其他的模块可以帮助我？

Answer 1

您应该尝试使用具有python接口的pymol。

Here您有一个初学者教程，教您如何编写pymol脚本以与视图交互

作为一名学生，你可以从pymols网站免费获得pymol。此外，Gohlke还提供了32位和64位windows以及Python2.6-2.7的安装程序。

Answer 2

我认为Pymol不再是免费的，因为它必须从Schrödinger购买。几个免费程序：- JMol (糟糕！！不要使用它，除非你没有其他选择)- PyMol (如果你是学者)- Yasara - Discovery studio (Accelrys) - RasMol (不再维护)- VMD (可视化轨迹的最佳程序)。功能非常强大，但我从未使用过它。

我不知道你是否能在所有这些脚本中编写脚本。

我经常和PyMol一起工作，我也做了一些插件。唯一的限制是您只能将其用作查看器，而不能用作其他用途。例如，您不能通过单击一个原子来获取信息。

祝好运

Answer 3

Chimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/是另一个查看器。我认为它的许可证比pymol的更灵活。

你在写你自己的吗？我认为这些答案中的大多数都指向了已实现的查看器。不过祝你好运，我想这需要大量的工作。