如何绘制蛋白质结构的自由能景观？

Question

我知道这个问题不适合这个平台，但我可以尝试一下如果我能得到一些提示，

我一直在试图描绘蛋白质结构的自由能景观("Chignolin")。我完全想不出怎么做了！！我有MD模拟轨迹文件轨迹文件和使用引理绘制能源景观。但是我得到了错误“TypeError: plot_free_energy()从2到20个位置参数，但是给出了28个”

有人能找出问题出在哪里吗？这是我的密码

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import mdtraj as md
from itertools import combinations
from simtk.openmm.app.topology import Topology
from simtk.openmm.app.simulation import Simulation
from simtk.openmm.app.dcdreporter import DCDReporter
from simtk.openmm.app.statedatareporter import StateDataReporter
import simtk.unit as u
import simtk.openmm as mm
import simtk.openmm.openmm as openmm
import pyemma.coordinates as coor
import pyemma

pdb = md.load('1uao_Calpha.pdb')
feat = pyemma.coordinates.data.MDFeaturizer(pdb)
feat.add_distances_ca(periodic=False)
files = pyemma.coordinates.load('traj/DESRES/CLN025-0-c-alpha/CLN025-0-c-alpha-005.dcd', features = feat)

pyemma.plots.plot_free_energy(*files.T)
plt.show()

这是另一个pdb文件。

Answer 1

我建议您开始阅读文档，特别是包含木星笔记本的“学习PyEMMA”部分，教您提取适当加权的“伪”自由能表面的工作流程。通常，这些表面被拉到前两个最慢的动力过程的维数中，但是你也可以想到任何其他的组合。这些维度是由TICA或VAMP投影定义的，它们基本上是从数据中提取慢模式的方法，如果蛋白质包含折叠和罕见事件的话。

作为入门，我建议先阅读这个教程，因为它简要地概述了如何加载和处理数据以提取慢模式。请注意，这还没有包含马尔可夫状态建模，因此请在其他示例中进一步阅读以了解这一点。