DNA到蛋白质-c结构的转换问题

Question

我的工作是将DNA序列转换为蛋白质序列。

我已经完成了所有的程序，只有一个错误，我发现有结构。

dna_codon是一个结构，我在it.In的第一次迭代中迭代，它显示了结构的正确值，但从下一次迭代开始，它没有显示存储在结构中的正确值。

这是一个小错误，所以不要认为我没有做任何事情，并投下赞成票。我被困在这里是因为我对c结构是新手。

代码：

#include <stdio.h>  
#include<string.h>


void main()
{

int i, len;
char short_codons[20];
char short_slc[1000];
char sequence[1000];

struct codons
{
    char amino_acid[20], slc[20], dna_codon[40];
};

struct codons c1 [20]= {
                        {"Isoleucine", "I", "ATT, ATC, ATA"},
                        {"Leucine", "L", "CTT, CTC, CTA, CTG, TTA, TTG"},
                        {"Valine", "V", "GTT, GTC, GTA, GTG"},
                        {"Phenylalanine", "F", "TTT, TTC"},
                        {"Methionine", "M", "ATG"},
                        {"Cysteine", "C", "TGT, TGC"},
                        {"Alanine", "A", "GCT, GCC, GCA, GCG"},
                        {"Proline", "P", "CCT, CCC, CCA,CCG "},
                        {"Threonine", "T", "ACT, ACC, ACA, ACG"},
                        {"Serine", "S", "TCT, TCC, TCA, TCG, AGT, AGC"},
                        {"Tyrosine", "Y", "TAT, TAC"},
                         {"Tryptophan", "W", "TGG"},
                        {"Glutamine", "Q", "CAA, CAG"},
                        {"Aspargine","N" "AAT, AAC"},
                        {"Histidine", "H", "CAT, CAC"},
                        {"Glutamic acid", "E", "GAA, GAG"},
                        {"Aspartic acid", "D", "GAT, GAC"},
                        {"Lysine", "K", "AAA, AAG"},
                        {"Arginine", "R", "CGT, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG"},
                        {"Stop codons", "Stop", "AA, TAG, TGA"}
                        };


int count = 0;

printf("Enter the sequence: ");
gets(sequence);

char *input_string = sequence;
char *tmp_str = input_string;

int k;
char *pch;

while (*input_string != '\0')
{
    char string_3l[4] = {'\0'};
    strncpy(string_3l, input_string, 3);
    printf("\n-----------%s & %s----------", string_3l, tmp_str );
    for(k=0;k<20;k++)
    {
        //printf("@REAL -  %s", c1[0].dna_codon);
        printf("@ %s", c1[k].dna_codon);
        int x;
        x = c1[k].dna_codon;
        pch = strtok(x, ",");
        while (pch != NULL)
        {
            printf("\n%d : %s with %s", k, string_3l, pch);
            count=strcmp(string_3l, pch);
            if(count==0)
            {
                strcat(short_slc, c1[k].slc);
                printf("\n==>%s", short_slc);
            }
        pch = strtok (NULL, " ,.-");
        }
    }
input_string = input_string+3;
}

printf("\nProtien sequence is : %s\n", short_slc);
}

输入：

TAGTAG

输出：

如果您看到以下输出

printf("\n-----------%s & %s----------", string_3l, tmp_str );   

在两次迭代中，我们发现structure中定义的值都减少了。

我想知道为什么结构会降低它，还是这是我的错误？因为我被困在这里

需要的输出：

StopStop

Answer 1

strtok()只能在重复的字符串副本上使用，因为它会在必要时使用'\0‘覆盖“分隔符”以生成标记。

下面的代码将截断该字符串：

x = c1[k].dna_codon;
pch = strtok(x, ",");

例如：

String = "CTT, CTC, CTA, CTG, TTA, TTG"

在第一次strtok()调用a '\0‘覆盖'，’

String = "CTT"\0" CTC, CTA, CTG, TTA, TTG"正在截断字符串。添加'\0‘是为了提高可读性。

在第二次循环期间，字符串将仅为：

String = "CTT"

PS:为了提高性能，如果可行的话，您可以使用字符串数组来代替dna_codon[40]或链表。

IEEE Std 1003.1-2008 strtok()

Answer 2

虽然我不知道你想要什么样的输出。但是如果直接运行你的代码，我会得到一个段错误。

1. 从不使用gets()。这一点非常重要。改用fgets()。你可以写fgets(sequence, 1000, stdin).
2. There与x无关，当strtok修改dna_codon时。没有什么可以从外部阻止strtok。
3. 如果你想拆分dna_codon但又不想修改它，你应该复制一份string。使用strcpy(char*,char*)。这将生成一个真实的副本(两个字符串)。如果你只是将字符串赋值给另一个变量。它们只是两个指向同一个字符串的指针。

char x40；strcpy(x，c1k.dna_codon)；//而不是x= dna_codon