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我用DESeq2软件包进行了差异基因分析，找到了30个下调最多的基因，并用fdr<0.05对细胞系进行了分析。我试图使用pheatmap包创建一个热图，但我无法生成我想要的热图。
浏览 32提问于2021-05-19得票数 0
在使用seurat集成之后，在差异基因表达分析过程中如何最好地控制这些混杂因素。我在FindMarkers函数中看到了latent.vars的选项。
浏览 30修改于2021-03-13得票数 1
我在设计一些正确的代码来解决在R中使用DESeq2时遇到了困难，如何查看与对照组相比，哪些基因在疾病患者中更高表达。DF = data.frame(id=colnames(genetable),type=rep(c("treat","ctrl"),each=3))dds = DESeqDataSetFromMatrix(genetable,DF,~type)
ddsoutput <- DESeq(dd
浏览 38修改于2019-12-12得票数 0
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我正在做差异基因表达分析，并有一个数据框架与p.values是<0.0 5两种条件(列)。我想过滤一个列的p.values，条件是它不会在第二列上<0.05。
浏览 3修改于2016-03-14得票数 0
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我正在尝试使用R中的DESeq2包进行差异基因表达，但在从输入数据创建所需的RangedSummarizedExperiment对象时遇到了问题。
浏览 0提问于2017-03-26得票数 2
需要使用model.matrix函数创建设计矩阵，其思想是使用此信息来拟合线性模型，以便能够识别差异基因。
我不知道如何创建设计矩阵。我已经阅读了文档，但它对我一无所获。
浏览 11修改于2018-02-19得票数 0
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我正在使用limma来分析差异基因表达。对于建模，您需要一个设计和对比矩阵。我只想知道是否有人有使用它的经验。
假设表达来自野生型(WT)和突变体(M)，并且这些表达被刺激(S)或未被刺激(你)。
浏览 0修改于2019-08-04得票数 2
我想要与eBayes做差异基因表达分析(limma是BioConductor的一部分)，但要做到这一点，我需要我的表达数据作为一个eset对象。123.764 122.476 23.4764 2.24343 123.3124问题：要用eBayes来评估差异基因表达
浏览 0提问于2014-08-30得票数 3
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我正在尝试运行一个名为D3E的Python包，用于单细胞差异基因表达。我在Fedora20上安装了Python2.7.5。
浏览 3修改于2015-06-27得票数 0
我正在尝试使用NanoStringDiff包来执行差异基因表达分析
但是，当我试图用函数NanoStringData = createNanoStringSetFromCsv(path, header
浏览 5修改于2020-10-28得票数 1
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R语言进行生信分析，GO分析goplot()反复报错？
r 语言、函数、脚本、可视化、数据
org.Hs.eg.db)library(ggplot2)library(enrichplot)
# 1.GO 富集分析----(用差异基因做富集分析
浏览 304提问于2024-10-19
B.PreTreat -> B.Cycle1 -> B.Cycle2 -> B.Cycle1 -> B.Cycle1 -> B.Cycle1 en28 20 en23 en25 en27
我想得到一个不同周期之间的差异基因列表
浏览 3提问于2020-02-28得票数 0
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我想阐明克罗恩病和溃疡性结肠炎在单个核细胞中的差异基因表达。代码运行得很好，但是当我尝试查看X的内容时，我在输出中得到一个空数组(如: array([]，dtype=float64))，这当然没有用。
浏览 0修改于2017-04-13得票数 0
我使用的是一个叫NOISeq的程序，这是一个基于R的软件，可以检测许多因素之间的差异基因表达。
浏览 2修改于2016-01-26得票数 0
我正在与3只熊猫的数据一起工作，这些数据包含关于多个细胞群差异基因表达的信息。它本质上是一个多维数据，其中一个数据(名称)是在p值中查找的索引，以及对应值的折叠式数据格式。
浏览 3修改于2020-08-14得票数 2
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如果你以前没听说过，这是一个强大的线性模型包，用来测试>20k基因的差异基因表达。你可以提取斜率，从模型中截取每一个基因。
浏览 7修改于2015-02-25得票数 2
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给定差异基因表达结果的data.table (或data.frame) (来自CuffDiff)，我想通过Q值截止值<= 0.05和>= 2的折叠变化或折叠变化<= 0.5来过滤这些结果，产生两个表(一个上调
浏览 32修改于2020-10-12得票数 0
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