如何解释单细胞RNA序列数据差异基因表达中的两个协变量？

Question

我有不同年龄和性别的人类数据。在使用seurat集成之后，在差异基因表达分析过程中如何最好地控制这些混杂因素。我在FindMarkers函数中看到了latent.vars的选项。我可以让latent.vars = c("Age", "gender")同时解释这两个问题吗？或者我一次只能使用一个？

有没有其他包可以让测试做得更好？提前感谢！

Answer 1

你可以使用这个论点，但它意味着你正在转向一个基于glm的模型，而不是默认的wilcoxon测试。您还可以在帮助页面(?FindMarkers)中看到它：

latent.vars: Variables to test, used only when ‘test.use’ is one of
          'LR', 'negbinom', 'poisson', or 'MAST'

您可以看到在GLMDETest下的the source code中是如何调用glm的。基本上，这两个协变量被包括在glm中，以说明它们对因变量的影响。同样重要的是，在这种情况下如何处理协变量年龄。它是绝对的还是连续的..这可能会影响您的结果。