回转R误差:系统是计算奇异的

Question

我正在和Kallisto和Sleuth一起分析一些RNA seq数据。我有一套控制的黄斑数据和一组黄斑数据与AMD。我试图分析这两组之间的差异基因表达。

 Design table:
 sample Tissue  Condition
 AMD_macula.11  Macula  AMD
 AMD_macula.12  Macula  AMD
 AMD_macula.14  Macula  AMD
 AMD_macula.17  Macula  AMD
 AMD_macula.18  Macula  AMD
 AMD_macula.19  Macula  AMD
 ctrl_macula.10 Macula  nodisease
 ctrl_macula.13 Macula  nodisease
 ctrl_macula.15 Macula  nodisease
 ctrl_macula.16 Macula  nodisease
 ctrl_macula.4  Macula  nodisease
 ctrl_macula.6  Macula  nodisease

我已经创建了我的侦探对象，现在我试图拟合模型，以便我可以运行线性回归和wald测试。

 so <- sleuth_fit(so, ~sample + Condition,'full')
 so <- sleuth_fit(so, ~Tissue, 'Tissue')
 models(so)

在运行这些程序时，我无法避免创建第一个模型，因为我得到了一个错误，即系统在计算上是单数的。

 > so <- sleuth_fit(so, ~sample + Condition,'full')
 Error in solve.default(t(X) %*% X) : 
 system is computationally singular: reciprocal condition number = 3.82836e-18

有人知道怎么解决这个问题吗？我认为我的设计表有问题，但我想不出如何修复它。

谢谢!

Answer 1

这是可怕的线性组合问题的一个实例。在您的例子中，Condition是sample.的线性组合，解决方案是从设计中删除示例，因为您没有这个因素的任何副本，而且可能对它不太感兴趣。Tissue只有一个级别，因此也没有必要包含它。你想要的是：

so <- sleuth_fit(so, ~ Condition, 'full')
so <- sleuth_fit(so, ~1, 'reduced')

有关分析具有相同设计的数据集的示例，请参见这里。