无法制作用于差异基因分析的缩放热图

Question

我是R的新手，所以对我来说容易些，我在为我的基因生成热图时遇到了麻烦。我用DESeq2软件包进行了差异基因分析，找到了30个下调最多的基因，并用fdr<0.05对细胞系进行了分析。我试图使用pheatmap包创建一个热图，但我无法生成我想要的热图。我想为每个细胞系的前30个基因(共8个)生成一个热图，代码如下：

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = GSM_subset,
                          colData = subset,
                          design = ~ Condition)

d_analysis <- DESeq(dds)
res <- results(d_analysis)
res

nrow(dds)
dds <- dds[rowSums(counts(dds)) > 1,]
nrow(dds)        


mcols(res, use.names = TRUE)
summary(res)

resLFC1 <- results(d_analysis, lfcThreshold=3)

table(resLFC1$padj<0.05)
resLFC1 <- resLFC1[complete.cases(resLFC1),]
resLFC1
resSig <- subset(resLFC1, log2FoldChange=-3)
resSig <- subset(resLFC1, padj<0.05)
top30=head(resSig[ order(resSig$log2FoldChange), ],30)
top30<-as.data.frame(top30)

library(pheatmap)
pheatmap(top30)

Answer 1

基因组学上下文中的热图通常使用log2尺度上的缩放(即Z变换)归一化计数，或类似的变换，如DESeq2包中的vst或rlog。

假设您已经在使用DESeq2，那么可以将dds作为您的DESeqDataSet

vsd <- assay(vst(dds)) # log-normalized and variance-stabilized counts
Z   <- t(scale(t(vsd))) # z-transformation
Z.select <- Z[your.genes.of.interest,] # subset to genes of interest

...and从那里使用您选择的热图包。