软件包Limma -contrast矩阵微分表达式

Question

我正在使用limma来分析差异基因表达。对于建模，您需要一个设计和对比矩阵。我只想知道是否有人有使用它的经验。

假设表达来自野生型(WT)和突变体(M)，并且这些表达被刺激(S)或未被刺激(你)。对于野生型I，有40个表达式值；对于突变型，有20个表达式值。

因此，当我想知道与野生型相比，突变体中哪些基因的反应不同时，我应该使用哪个公式作为对比矩阵：

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40) 

Answer 1

与野生型相比，确定突变体与野生型反应不同的基因的对比可能是：

makeContrasts('WT - M')

其中M指的是受刺激和未受刺激的突变细胞。然而，我怀疑，你可能想要这样的东西：

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

这将突出WT和任一突变细胞之间的变化。