Fedora 20上的SciPy包: ImportError:无法导入名称anderson_ksamp

Question

我正在尝试运行一个名为D3E的Python包，用于单细胞差异基因表达。我在Fedora20上安装了Python2.7.5。我刚刚使用instructions here安装了SciPy包

sudo yum install numpy scipy python-matplotlib ipython python-pandas sympy python-nose

但是，当我尝试运行该脚本时，我一直收到一个SciPy错误：

bash-4.2$ python D3ECmd.py ~/Documents/geneExpressionTable.txt ~/outputFile.txt cellType1 cellTYpe2 -n=0, -z=1

    Traceback (most recent call last):
      File "D3ECmd.py", line 34, in <module>
        from D3EUtil import readData, getParamsBayesian, getParamsMoments, cramerVonMises, logStatus, goodnessOfFit, distributionTest
      File "/home/user/Software/D3E/D3EUtil.py", line 36, in <module>
        from scipy.stats import gmean, ks_2samp, anderson_ksamp
    ImportError: cannot import name anderson_ksamp

您建议我尝试修复此错误的方法是什么？

谢谢。

Answer 1

正如@Warren指出的那样，在scipy版本的.12.1中anderson_ksamp是不可用的。这是scipy的一个相对较新的功能。

I'm not a fedora user.我不是软呢帽使用者。也就是说，听起来使用pip安装scipy是最好的选择。

第一步：安装依赖项。查看Muneeb的答案，了解如何install blas and lapack on fedora.它的信息应该像下面这样简单：

sudo yum安装lapack lapack-devel blas-devel

第二步：使用pip安装scipy。

sudo pip安装--升级scipy

这个过程需要很长时间。去吃午饭吧。当你回来的时候，你应该有一份scipy的工作副本。

注意，如果您没有pip，请运行以下命令：

python sudo yum install

-pip