利用model.matrix函数进行基因表达的设计矩阵

Question

我需要一些帮助。我的数据如下所示：

Identifier    Sample1    Sample2   Sample3 ...Sample10
Gene1          10.85       9.33      11.04 ... 10.093
Gene2          5.94        7.95      6.46  ... 6.33
...
Gene99         3.93        4.12      7.86  ... 9.45

样本1至4为正常，5至10为异常。

数据存储在名为DF的数据帧中。需要使用model.matrix函数创建设计矩阵，其思想是使用此信息来拟合线性模型，以便能够识别差异基因。

我不知道如何创建设计矩阵。我已经阅读了文档，但它对我一无所获。这个函数的语法似乎不是针对我的格式量身定做的。

任何建议都是值得感谢的。

Answer 1

你需要像这样的东西

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

你有没有试过读limma User's Guide？有一大堆例子：