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我有一个数据框，里面有列基因，它们所属的染色体区域，测量基因表达的细胞系，以及基因在该细胞系中的表达水平--它看起来基本上是这样的： gene region cell_line expressionClaire 3E Z Claire 1 我想要做的是，对于每个细胞系，计算所有不在给定区域的基因的染
浏览 19修改于2020-09-02得票数 3
假设我有一个有两列19行的数据框架(见下文)；左列是细胞系的名称，右边的是基因ZEB1在相应细胞系中的表达。HCC1569 2.8093hist(Heiser$ZEB1[1:19], breaks=50, col="grey")
它给出了一个直方图，它的x轴是基因表达量，y轴是细胞在细胞中表达的频率，但是，我想在直方图上的特定位置加上细胞系的名称。
浏览 3提问于2014-09-30得票数 3
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简单地说，我的输入数据集(特征)包括不同样本(细胞系)的基因水平(RNA表达水平)。在这个数据集中，我复制了相同的生物样本，这意味着我已经测量了两次(或更多次)相同细胞株或细胞系的RNA表达水平。我包括了所有不同的测量(不同的细胞系，同一细胞系的不同测量等等)。作为不同样本的训练集，为了增加人工神经网络的灵活性，而不是只计算平均值而仅使用(对同一细胞株的不同测量)。
浏览 1修改于2020-04-23得票数 0
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每个数据帧具有基因名称的行索引和细胞系的列索引，表达水平填充每个细胞。这3个数据帧具有相同的对应基因名称和细胞系，我希望找到相应行的三元组之间的相关性(即细胞系如何影响3个数据帧之间每个特定基因的表达)。我如何找到新数据帧中的相关系数，然后使用热图进行可视化？ 谢谢!
浏览 16修改于2020-09-07得票数 0
我有一个矩阵x (30x2000)的2000基因表达在不同的细胞系和一个载体y (30x1)的连续可变的结果。我想要计算每个基因和结果之间的Pearson相关性，所以，我期望有一个2000 x1的r值向量。我使用过rcorr(x,y)，但是结果是一个2000x2000矩阵，所以我猜它忽略了y，并计算了所有的基因(手册上说：
但是，我可以有多个列，
浏览 1提问于2013-09-25得票数 5
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我正在尝试从GEO db下载所有有关实验的条目，这些条目涉及“乳腺癌细胞系时间序列基因表达谱”。这似乎太少了，所以是错误的，因为我们肯定知道已经在乳腺癌细胞系上进行了大量的时间序列实验。我想，我在sql查询中可能在"title“中犯了一个错误。有谁可以帮我？
浏览 0修改于2012-07-04得票数 0
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我是R的新手，所以对我来说容易些，我在为我的基因生成热图时遇到了麻烦。我用DESeq2软件包进行了差异基因分析，找到了30个下调最多的基因，并用fdr<0.05对细胞系进行了分析。我想为每个细胞系的前30个基因(共8个)生成一个热图，代码如下：
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = GSM_subset,
浏览 32提问于2021-05-19得票数 0
2 3.3 BGene_3 1.1 B我有一个数据框，里面有100个不同细胞系的10个基因的表达数据。每个细胞系中每个基因的表达都被检查了3次，这就是为什么我们要对重复进行t.test
我想在Gene_X上运行t.test (X=1，2，3，4，5...)在A，B，C型细胞中...我使用以下代码拆分数据
浏览 0修改于2019-09-12得票数 0
}
cat ("medium") cat ("high")}
创建一个名为data.frame的expression_levels，它有10行(每个<em
浏览 0修改于2021-11-16得票数 0
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我有一个很大的列表，其中包含了许多细胞系表达的基因。Ensembl基因通常带有版本后缀，但我需要删除它们。
浏览 1提问于2019-09-03得票数 3
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Myob_Ind 07 1629 1.825 Myob_Ind 0
我的目标是添加额外的细胞系，比如来自中性粒细胞或脂肪细胞的细胞系，并使用箱形图绘制z得分，但我需要此表单中的数据来完成此操作。基因/细胞系的顺序并不重要，只要它们与各自的z分数相匹配即可。我在使用pd.melt和pd.concat时遇到了问题，这让我无法确定它们的正确使用。
浏览 19提问于2021-02-15得票数 0
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18个细胞系分为两组-triple和Pos。基因以列的形式列出，细胞线以行的形式列出。我已经生成了一个数据帧，其中包含wilcoxon测试p值、中位数差异和Triple和Pos之间的折叠变化。我需要一个列，告诉我一个基因的“三重”细胞系的数量>0。也就是说，它应该告诉我一个特定的基因在一个“三重”细胞系中有多少次>0。这是一个有代表性的数据。我如何在R中做到这一点？
浏览 2修改于2014-04-15得票数 0
我想筛选出至少在我的一个治疗组中，在这两个复制中都少于N计数的基因。
我的数据位于一个DESeq对象中，计数数据是这样构造的，每一行都是基因，每一列都是不同的样本。样本名的结构为X_x_N_n_A_x_1/2(其中X是所使用的细胞系，N是反映治疗长度的1或2位数，A是代表治疗组的字母，1或2表示哪一个复制。现在，我只知道如何筛选出在所有样本中没有表达到某个阈值以下的基因。例如，过滤掉根本没有表达的基因。
浏览 6提问于2022-10-28得票数 2
我已经得到了一个数据(超过9000行)，它保存了每个细胞集群(列)特定基因(行)的平均基因表达，现在我需要将基因名(行名)更改为同义词。0.30[Slc39a9] 52.13 18.42 4.12FYI:表达式dat
浏览 3修改于2020-06-04得票数 0
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我有几个m矩阵的基因表达数据，我想存储在MySQL。N是大约3,000个样本(大部分是唯一可识别的)从那时起，我就被告知“联合桌”可能是一种更好的方法。不过，在看了几段YouTube视频之后，我一点也不聪明。我还搜索过谷歌，似乎没有关于使用连接表在MySQL中存储基因表达数据的教程。那么，有没有人对如何最好
浏览 1提问于2016-05-03得票数 3
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我正在尝试创建两个不同基因的基因表达式2^-DCT值(数据框中的p2ndCt)的抖动图，以及表示平均值的两条单独的线。我的样本是一系列有序的细胞系。group = 1), fun = mean, geom = 'line', size = 1, color = 'red')...which只给了我一条线，平均了这两个基因我读到过，我可以把这些基因放在不同的data.frames中，但最好是全部放在一个one里。提前感
浏览 0提问于2021-04-02得票数 0
我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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我也想评估基因重叠的百分比，但我不想在一个列表中对所有基因进行成对的比较，我想比较一个列表和一个不同的列表集。最初的帖子回答给出了一个优雅的嵌套sapply，我认为这在我的情况下是行不通的。ENSG005"))我希望将listOfGenes1中的每个细胞系与
浏览 0修改于2019-09-04得票数 0
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我有一个含有基因名称和样本编号的矩阵。每一行都是一个逻辑向量，指示检测到基因的样本。基因必须至少出现在8个样本中的4个样本中才能做到这一点(仍在矩阵中)。编辑:这个问题源于尝试重新创建这个：
假设样本集包含不到50%的离
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
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