使用保存旧行名和新行名的dataframe更改行名

Question

我已经得到了一个数据(超过9000行)，它保存了每个细胞集群(列)特定基因(行)的平均基因表达，现在我需要将基因名(行名)更改为同义词。看起来是这样的：

          Cluster1   Cluster2  Cluster3
[Tppp2]   10.32      0.14      2.56
[Mtx1]    6.32       8.77      0.30
[Vps37c]  225.02     132.87    9.52
[Slc39a9] 52.13      18.42     4.12

我还有另一个数据(超过13000行)，它保存着原语；基因名，正如所说的(旧的)--正方根基因名(新的)。看起来是这样的：

    GeneName    NewGeneName
[1] Vps37c      VPS37C
[2] Tppp2       TPPP3
[3] Slc39a9     SLC39A9
[4] Mtx1        MTX1B

因此，对于第一个dataframe中的每个行，行名将与dataframe2$GeneName中的名称相匹配，然后dataframe2$NewGeneName中的名称将保存为新行名(或保存所有新行名的向量)。例如，Tppp2将是TPPP3，以此类推，结果如下：

rownames(expr_df) <- c("TPPP3", "MTX1B", "VPS37C", "SLC39A9"。

我已经尝试了很多事情，但我真的很苦恼，我无法使它发挥作用。我不记得我试过和失败过的所有方式，抱歉。

FYI:表达式dataframe的同义词和行名不具有相同的顺序，而正方根dataframe所包含的基因比表达dataframe中的基因多。

Answer 1

tidyverse解决方案：

df1 %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  left_join(df2, by = c("rowname" = "GeneName")) 

  rowname Cluster1 Cluster2 Cluster3 NewGeneName
1   Tppp2    10.32     0.14     2.56       TPPP3
2    Mtx1     6.32     8.77     0.30       MTX1B
3  Vps37c   225.02   132.87     9.52      VPS37C
4 Slc39a9    52.13    18.42     4.12     SLC39A9

数据

df1 <- tibble::tribble(
         ~Cluster1, ~Cluster2, ~Cluster3,
             10.32,      0.14,      2.56,
              6.32,      8.77,       0.3,
            225.02,    132.87,      9.52,
             52.13,     18.42,      4.12
         )

df1 <- as.data.frame(df1)

rownames(df1) <- c("Tppp2", "Mtx1", "Vps37c", "Slc39a9")

df2 <- tibble::tribble(
         ~GeneName, ~NewGeneName,
          "Vps37c",     "VPS37C",
           "Tppp2",      "TPPP3",
         "Slc39a9",    "SLC39A9",
            "Mtx1",      "MTX1B"
         )