对数据框运行T.test，然后按col1和col3对结果进行分组

Question

大家好，我是R的新手，我正在尝试使用R的统计能力进行分析。下面是我拥有的数据框的示例

Gene_Name Expression Cell Type
Gene_1         1    A
Gene_1         1.1  A
Gene_1         1.2  A
Gene_2         2.1  A
Gene_2         2.1  A
Gene_2         2.1  A
Gene_3         3.1  A
Gene_3         3.2  A
Gene_3          3   A
Gene_1          2   B
Gene_1         2.1  B
Gene_1         2.2  B
Gene_2         3.1  B
Gene_2         3.2  B
Gene_2         3.3  B
Gene_3          1   B
Gene_3         1.1  B
Gene_3         1.2  B

我有一个数据框，里面有100个不同细胞系的10个基因的表达数据。每个细胞系中每个基因的表达都被检查了3次，这就是为什么我们要对重复进行t.test

我想在Gene_X上运行t.test (X=1，2，3，4，5...)在A，B，C型细胞中...我使用以下代码拆分数据

p <- split.data.frame(df, df$cell type) 

它根据单元格类型创建了数据帧列表。然后使用lapply对数据进行进一步分组，并创建按gene_name分组的数据帧列表

k<-lapply(p, function(x) {split.data.frame(x,x$Gene_Name)})

当我在K上运行t.test时，如下所示，我得到一个错误

ttest<-lapply(k, function(y){t.test(y,y[2])})

var(x)中出错: is.atomic(x)不为真

有人能给我解释一下我哪里做错了吗?我怎样才能改正？

谢谢你对我的帮助！

Answer 1

我不清楚你想要测试的是什么假设。你能更详细地解释一下吗？拥有可重现的代码也会有所帮助--你张贴的内容显然不是你实际使用的，因为它包含语法错误。