将基因表达数据存储在MySQL连接表中？

Question

我有几个m矩阵的基因表达数据，我想存储在MySQL。

M约为30,000个基因(唯一可识别的)

N是大约3,000个样本(大部分是唯一可识别的)

我不知道最好的方法是存储这些数据。最初，我将矩阵直接读取到MySQL表中，但后来有人告诉我，这不是一种很好的方法，因为列(样本)的数量是一个可变的数量。我无法转换矩阵并以这种方式存储它们，因为在创建列时，有比MySQL允许的更多的基因。

从那时起，我就被告知“联合桌”可能是一种更好的方法。不过，在看了几段YouTube视频之后，我一点也不聪明。我还搜索过谷歌，似乎没有关于使用连接表在MySQL中存储基因表达数据的教程。那么，有没有人对如何最好地存储这些数据有任何建议呢？我真诚地期望会有一个关于这方面的大量文献，所以如果你有有用的链接，也会受到很大的赞赏。

Answer 1

为此您只需要几个表，我正在使用mysql语法：

CREATE TABLE genes (
`gene_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
`gene_name` varchar(99) not null
)ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE samples (
`sample_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
`sample_name` varchar(99) not null
)ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE gene_sample (
`gene_id` INT NOT NULL,
`sample_id` INT NOT NULL,
FOREIGN KEY(`gene_id`) REFERENCES genes (`gene_id`),
FOREIGN KEY(`sample_id`) REFERENCES sample (`sample_id`),
)ENGINE=InnoDB;

对于样本中的每一个基因，将gene_id和sample_id插入到gene_sample表中。

在SELECT中使用两个联接表达式来重建完整的数据：

SELECT genes.*, samples.* 
FROM gene_sample 
LEFT JOIN genes USING (gene_id) 
LEFT JOIN samples USING (sample_id);