需要计算癌细胞系表达数据中基因>0的次数(R统计)

Question

18个细胞系分为两组-triple和Pos。基因以列的形式列出，细胞线以行的形式列出。我已经生成了一个数据帧，其中包含wilcoxon测试p值、中位数差异和Triple和Pos之间的折叠变化。我需要一个列，告诉我一个基因的“三重”细胞系的数量>0。也就是说，它应该告诉我一个特定的基因在一个“三重”细胞系中有多少次>0。这是一个有代表性的数据。我如何在R中做到这一点？

    Subtype A1BG    A1CF    A2LD1   A2M A2ML1   A3GALT2 A4GALT  A4GNT
MCF7    Pos 0   0   0   22.8    0   0   0   0
MDA_231 Triple  0   0   0   0   0   0   0   0
SKBR3   Pos 0   0   0   1.69    1.69    0   0   0
HCC1954 Pos 0   0   0   0   0   0   0   0
HCC1143 Triple  0   0   0   1.45    0   0   0   0
BT474   Pos 0   0   0   1.9 0   0   0   0
HCC1500 Pos 0   0   0   0   0   0   0   0
T47D    Pos 0   0   0   1.32    0   0   0   0
ZR75-1  Pos 0   0   0   0   0   0   0   0
HCC1937 Triple  0   0   0.79    33.76   0   0   0   0
HCC1599 Triple  0   0   0   0   0   0   0   0
HCC202  Pos 0   0   0.9 5.43    0   0   0   0
HCC1806 Triple  0   0   0   0   0   0   0   0
MDA-468 Triple  0   0   1.02    3.41    0   0   0   0
HCC2218 Pos 0   0   2.08    1.39    0   0   0   0
HCC70   Triple  0   0   0   3.67    29.76   0   0   0
HCC1187 Triple  0.7 0   1.75    4.21    0   0   0   0
Hs578T  Triple  0   0   0.84    1.26    0   0   0   0
BT549   Triple  0   0   0.64    0.64    0   0   0   0

Answer 1

你的原始帖子中的格式有点奇怪，但我认为是这样的：

df$gt0 <- apply(df[-1]>0, 1, sum)

将第一列以外的每个条目都与零进行比较。然后，它会将为真的次数相加，并将每一行作为列gt0追加。它将对所有行进行计算，而不管其子类型是什么:如果您只想计算子类型"triple"，则df <- subset(df, Subtype=="Triple")会将数据集缩减到相关行。

不过，当你说“特定基因”时，我想知道你是否需要一个逐行的总结：

apply(df[df$subType=="Triple",-1]>0, 2, sum)