用R语言点亮专属烟花

单细胞数据：Figshare数据库的国内下载方案

今天在下载 Figshare 数据库的数据时，遇到了一些问题：国内下载速度极慢且频繁断线，超过 100MB 的文件即使挂梯子也很难成功下载。为此，我查阅了一些教...

单细胞代谢分析scMetabolism包

scMetabolism 是由复旦大学中山医院高强教授团队开发的一个 R 软件包，专门用于在单细胞分辨率下定量化代谢活性。

研究思路与结果_单细胞和转录组测序数据的联合分析，识别了特发性肺动脉高压中关键的糖酵解基因

异常糖酵解代谢在特发性肺动脉高压（IPAH）的肺血管重塑中起着至关重要的作用，但其具体的分子调控机制，特别是在细胞层面的异质性表现，目前尚不完全明确。

脂肪组织测序基础：向单细胞分辨率下人类和小鼠脂肪组织共识图谱

脂肪组织（AT）是一种复杂的结缔组织，含有较高比例的脂肪细胞，脂肪细胞是能够将脂质储存在大液滴中的专门细胞。AT存在于身体多个独立的储存库中，是多余热量的主要储...

单细胞：IntegrateLayers函数中这几种主流的单细胞数据整合方法

在深入细节之前，我们先明确目标：消除不同样本（批次）间的技术性噪音（批次效应），同时保留真实的生物学差异。不同的方法在“消除噪音”和“保留信号”之间采取不同的平...

研究思路与结果_整合临床-病理-MRI特征，构建新辅助疗法后腋窝淋巴结病理完全缓解的预测模型：一项回顾性研究

分析乳腺癌腋窝淋巴结（ALN）管理的重要性，指出新辅助疗法（NAT）后准确预测腋窝病理完全缓解（apCR）对减少不必要的腋窝淋巴结清扫（ALND）具有临床意义。

MR-DELTAnet：一种在局部晚期直肠癌中通过 scRNA-seq 揭示免疫微环境并预测病理完全反应的纵向 MRI-Transformer 模型

针对局部进展期直肠癌（LARC）患者，探索如何通过非侵入性手段在术前精准识别病理完全缓解（pCR）者，从而辅助临床制定个体化治疗策略（如器官保留），并深入探究影...

研究思路与结果_可解释的多模态深度学习改善多中心队列肝内胆管癌术后风险分层

针对肝内胆管癌（ICC）术后复发率极高（60-70%）且传统分期预测不准的现状，提出“融合多模态（影像+病理）数据可构建更精准的风险预测模型，并能通过多组学验证...

研究思路与结果_人类炎症性肠病中巨噬细胞和中性粒细胞空间分辨率的异质性

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34331874: 人类单核-巨噬细胞数据库

研究思路与结果_类风湿性关节炎中TNF/JAK抑制剂治疗滑液的单细胞免疫谱

筛出核心基因的下一步

核心基因验证的常用方法[1]，从原理到优劣势，再到适配场景，帮你根据自身研究需求精准选择，让你的文章不再是"纸上谈兵"~

scRNA FIgure1 降维聚类、注释可视化学习

单细胞转录组分析表明免疫抑制性肿瘤微环境与胰腺癌肝转移有关: https://www.nature.com/articles/s41467-023-40727-...

转录组学的生物信息学视角：批量与单细胞 RNA 测序分析的全面综述

转录组是一个动态且复杂的实体，在细胞生物学中起着核心作用。转录组由细胞合成的全套 RNA 分子组成，并影响各种细胞过程。转录组的显著适应性使细胞能够根据内部信号...

单细胞绘图Figure1 素材积累

本篇[1]主要介绍一下scRNA中Figure1的一个展示版本，首先直接展示到大类，然后分别展示亚类内容。没有采取聚类分群之后的所有类来直接展示，避免了分群不充...

scRNA Figure1作图

我的魅族16s使用记录

到第9步时，手机关机，再同时按住音量＋键和音量－键不松手，然后插上数据线连接电脑，等到电脑有驱动提示时（声音提示）松手，如果电脑安装好驱动， 刷机工具会显示90...