网络药理学—数据库获取疾病靶点并与中药靶点交集

在中药复方的网络药理学分析中，比如说我们研究某某复方对某某疾病的有效果的原因。首先获取复方中中药成份中满足条件的小分子及其对应靶点，参考网络药理学—基于网络爬虫...

网络药理学—基于网络爬虫获取复方中药活性小分子及其对应靶点

在中药复方的网络药理学分析中，第一步就是获取复方中药活性小分子及其对应靶点，常规做法是在TCMSP搜索相关中药，再根据（OB>30，DL>0.18）筛选出符合条...

空间转录组数据注释分析：RCTD反卷积(Nature Biotechnology IF: 33.1)

本次使用数据为 hippocampus Visium 数据，首先，使用一个已经注释好的单细胞数据海马体数据集对空间数据用RCTD进行细胞注释，然后做区域差异表达...

整合单细胞和空转数据多种方法之CellTrek

CellTrek发表于2022年的Nature Biotechnology，题为《Spatial charting of single-cell transcr...

空转细胞通讯分析之COMMOT

空间转录组以及单细胞转录组技术，为解析细胞-细胞通讯（Cell–Cell Communication, CCC）提供了前所未有的机会。然而，如何在重建细胞通讯网...

空转 | 我，SPOTlight，用解卷积，解决空间转录组spot注释！

前面介绍过整合scRNA-seq和空间转录组数据主要有（1）映射（Mapping）和（2）去卷积（Deconvolution）两种方法。前面空转 | 结合scR...

空转 | 结合scRNA完成空转spot注释（Seurat Mapping） & 彩蛋（封面的空转主图代码）

前面空间转录组|没有单细胞数据如何做空转spot “注释”？文献和代码都给你！介绍了不结合单细胞进行空转spot的注释方式，文献中更多还是结合单细胞转录组数据进...

空间转录组细胞通讯分析：COMMOT（Nature Methods，IF: 36.1）

学习节奏：1看文献了解原理，2看官方说明手册，3运行官网示例，最后就是看这个算法在一些高分文献中的应用啦！

跟着Nature学习空转细胞生态位分析（一）

fig1给我们展示了相关的单细胞结果以及几个具有代表性的空转的cell2location的反卷积结果：

2024的自己还好么？简单聊聊空转思路

空转复习---空间转录组hotspot

单细胞空间--抗原呈递癌症相关成纤维细胞生态位的单细胞分辨率空间分析

单细胞空间--食管鳞状细胞癌的单细胞多组学与空间分析揭示GPR116+周细胞在癌症转移中的免疫抑制功能

单细胞转录组实战06: pySCENIC转录因子分析（可视化）

![生信交流与合作请关注公众号@生信探索](https://files.mdnice.com/user/38387/a8e0a2ed-ea22-4f3f-924...

一眨眼CellphoneDB都更新到v5啦：2025年3月25号发表在Nature Protocols(IF=13.1)

老习惯，CellphoneDB 的官网给到你，他放了三个地方，可以每个都看看，不过可以以最后一个链接为主：

单细胞实战之cellchat——入门到进阶(高级篇1）

在中级篇中已经完成了细胞亚群的细分流程，并回顾了几个重要的分析工具。接下来将进入高级篇的内容。首先将回顾最常用的细胞通讯工具之一——CellChat。在该讲中会...

python单细胞学习笔记-day7

今天继续学习视频：python_day6剩余部分和python_day7视频 ！一口气学完吧！

python单细胞学习笔记-day6

https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices....

python单细胞学习笔记-day9(发在Science的celltypist软件注释)

在之前的conda环境中安装新的本次上课需要的几个包：（建议先不要全都安装上，很容易后面出现包导入失败，可以运行到哪个代码缺少模块再开始安装~）

做单细胞和空转必须了解的AnnData数据结构

图解如下：https://anndata.readthedocs.io/en/stable/index.html