2024的自己还好么？简单聊聊空转思路

作者，Evil Genius

马上2025了，大家感觉还好么？

2024还是降薪裁员的一年，而且这两天还是考研的日子，同时还有大把的人在复习考公，似乎“卷”成了社会潮流。

如果用4个字来形容2024的自己，大家会想到什么？

每一个阶段，都会有收获，也会有不足。

2024自己上课的视频，我自己也经常回看，把上课的讲话、内容上没有到位的地方给记录下来，要克服这些问题。

内容方面，每年都会不一样，前进是时代的必须，我们只能与时俱进。

我们无论做什么，都不可能让所有人满意，那么做这件事的衡量标准，是什么呢？无论是开培训班，工作，学习，科研，发文章等各个方面，在为自己争取利益的时候，“卷”就来到了我们身边。

2025年，大家有对自己想说的话么？面对20多岁，30多岁的自己，有没有曾经觉得很遗憾的事情？Yesterday is history, tomorrow is a mystery, but today is a gift. That’s why it’s called the present，Cherish today like a gift.

2024很多人倒下了，比如东北雨姐、小杨哥，也有很多人脱颖而出，比如大圆哥。在培训界，谩骂和赞扬也都是共存的，有赞扬，比如果子课程，也有质疑，比如外显子内容。

如果我们都要争取利益，比如挣钱，发文章等等等等，意味着我们都处于逆境，迎难而上还是知难而退，只能二选一，大部分人只有迎难而上一个选项。

现在市场预期下行，大环境也不太友好，但是这些事情，我们自己无法决定，能决定的，只有提升自身的实力，未来谁都不知道，就像我25岁刚毕业的时候，看到别人30多岁还不结婚，内心都会认为这人是不是有什么心理疾病，现在自己也混成了这样。

2025 ，大家有什么话对自己说么？

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我们来简单聊聊空转的分析思路。

其实整体而言，空转分析思路并不复杂。

无论对于低精度还是高精度，思路都几乎一致。

第一步，数据匹配，就是要拿到组织覆盖区域的数据。这里面就涉及到数据质控、图像匹配。

第二步，一般就是基础分析，整合，降维聚类，对visium、bin模式的华大、HD的平台，聚类的结果就是分子niche，或者叫context。对Xenium、图像分割的华大、HD、CODEX、CosMx等平台，聚类不仅是分子niche，也直接就是具体的细胞类型，这个地方就开始有一些比较个性化的分析，比如不同处理组聚类结果的差异，分子niche 的生物学功能区别，分子niche与形态学的匹配问题等等。

第三步，注释。对visium、bin模式的华大、HD的平台，就是单细胞空间联合，通常cell2location或者RCTD二选一。对Xenium、图像分割的华大、HD、CODEX、CosMx等平台，一般就是依据marker直接注释。这个时候我们获得了一个新的矩阵，空间细胞矩阵，针对这个矩阵，又可以进行第二步的分析操作，得到细胞niche，细胞微环境，个性化分析也随之展开。

从第四步开始，也是比较通用的分析，但不同项目开始有很大的差异，邻域矩阵的获得，无论哪个平台，环境对自身的影响分析都是必不可少的，比如visium研究一个spot与周围6个spot的关系，CosMx研究一定windows范围内，目标细胞的环境细胞组成，这个时候我们获得了第三个矩阵，细胞邻域矩阵。

第五步，niche的细胞组成差异，无论是邻域、还是细胞niche或者分子niche，不同处理都会导致空间上细胞的排布差异，这些差异，是分析的重点。

第六步，共定位分析，是邻域分析的延续，也是精细化的分析步骤，目标细胞的邻域通常不可能所有细胞都发挥了关键作用，一般只有其中一种细胞类型特别关键，比如肿瘤细胞在成纤维细胞的保护下有了免疫逃逸的能力，那么核心的细胞pair，正事我们需要研究的目标。

第七步，目标细胞类型的邻域差异分析，包括分子差异和细胞差异，以及环境的差异如何塑造目标细胞的表型，也就是从环境分析的角度来进行再分群。

第八步，邻域通讯，细胞之间的互作，一般都是通讯完成。

第九步，更加个性化一点，NMF，CNV，hotspot等偏个性化的分析。

第10步，就不是必须要做的，比如邻域富集评分，空间轨迹等等。

总结一下，就这么多，但是具体到项目，不太容易做得很好，就跟大家读书一样，都上高中，考的大学却千差万别。

生活很好，有你更好