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使用R包pheatmap绘制热图。有没有一种方法可以给输入矩阵中的NAs分配颜色？似乎在默认情况下，NA会被染成白色。例如：m<- matrix(c(1:100), nrow= 10)m[10,10]<- NA
pheatmap(m, cluster_rows
浏览 0修改于2018-05-05得票数 13
打印前缩放时的热图：pheatmap(t(mat_scaled), show_rownames=F, show_colnames=F,border_color=F, color=colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12))从-2开始缩放时，6与在pheatmap函数中使用缩放时完全不同pheatmap(t(mat_scaled), scale="row", show_rown
浏览 0修改于2019-09-01得票数 0
2回答
我正在尝试将基于k-means的聚类算法的结果显示为pheatmap。至于pheatmap，我只找到了annotation选项，但它是按列工作的，而不是按行工作的。有没有办法突出显示pheatmap中的行聚类
我的另一个想法是将cluster-column作为单独的颜色添加到热图中。然而，我需要使用另一种配色方案，而不是热图的其余部分，所以我不确定这是否可能。
浏览 1修改于2017-05-23得票数 2
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有没有办法将R中pheatmap图的背景由白色改为黑色 library(pheatmap)test = matrix(rnorm(200), 20, 10)Test", 1:10, sep = "")# Draw heatmapspheatmap(test)
pheatmappheatmap(test , bg=&q
浏览 118提问于2019-10-14得票数 1
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Test RData：注释： pheatmap(t(pred.MDSC), fontsize=8)但是，如果我随后尝试向其添加注释(使用文件中的annoDF )：
pheatmap(t(pred.MDSC),fontsize=8,labels_col = rownames(anno), show_colnames = TRUE, annotation_col
浏览 4修改于2020-02-11得票数 0
如何更改pheatmap中的文本颜色？但它不起作用 par( col.lab="#FFFFFF", fg="#FFFFFF", col.main="#FFFFFF", col.axis="#FFFFFF", cex.main=2, cex=2)
pheatmap
浏览 129修改于2019-01-12得票数 1
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1回答
/e”then call this with pheatmap (annotation_row = df)...png
1
As an example of the above:
I want to add the annotation row labelling to a pheatmapIt appears from the tutorial here: https://towardsdatasci
浏览 12修改于2022-07-16得票数 1
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我试图在pheatmap中开发cytokine_annotation并获取错误消息。Seq.int中的错误(rx1L，rx2L，length.out = nb)：'from‘必须是有限的
可复制的例子：rownames(M)<-1:nrow(M)cytokine_annotation=eg
pheatma
浏览 4修改于2017-09-25得票数 1
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我刚刚开始学习网格和grob，我想我知道问题是什么: pheatmap是一个网格对象，包含grob对象，不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗？我是否需要以某种方式将qplot放在一个网格中，将pheatmap放在一个网格中，然后将这些网格放入一个新的网格？library(grid)library(pheatmap)hmdat=rbind(c(1,2,3),c(3,4,5),hm=pheatmap<
浏览 21提问于2016-09-20得票数 10
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Pheatmap library(pheatmap)使用annotation_colors在每个热图列的顶部添加标题ID颜色。set.seed(123)colnames(df)<-LETTERSrep(c("Pat","Trea"), each=3)))aka3 = li
浏览 1修改于2017-09-02得票数 15
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我一直在努力解决如何将2个或更多的pheatmap(热图)组合到最终图中，但没有成功。c("TD6 vs SH", ))hm_data1 <- pheatmap(as.matrix(data1))
hm_dat
浏览 17提问于2018-08-01得票数 3
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我对pheatmap中的行缩放有些困惑。0.99 -4.11 -4.858 -0.32 -3.43 -4.4我需要在pheatmap生成带有行z得分的图形之后提取数据帧的这些值
my_palettegreen",colorRampPalette(colors = c
浏览 1提问于2019-05-31得票数 1
有没有一种方法可以使用heatmaply包中使用的树状图聚类方法，并将其应用于pheatmap包生成的热图？基本上与这里提出的问题相反：Clustering in pheatmap and heatmaply R packages 当我在pheatmap上使用heatmaply时，我通常会看到我的数据集群效果更好所以我改用pheatmap。 也许有人能帮我回答我的问题。谢谢!
浏览 52提问于2020-07-15得票数 1
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<- matrix(rnorm(20), 5, 4)test_labels[test_labels<=10] <- "**"
pheatmap
浏览 86修改于2019-01-26得票数 4
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我正在执行集群分析并使用R中的pheatmap函数。我想提取集群的每个成员。我用来通过kmeans集群生成pheatmap的命令是： } } pheatmap
浏览 13修改于2017-03-08得票数 0
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我是R的新手，并开始使用pheatmap来可视化处理细胞和对照细胞中基因表达的log2折叠变化。默认情况下，pheatmap将颜色键的上限设置为6，将下限设置为-2。这是我一直使用的代码：
pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames
浏览 30修改于2017-06-02得票数 0
我对R非常陌生，最近我一直在玩pheatmap库来生成，嗯，热图。我的问题是，我想用一种特定的方式来着色我的热图。我将在下面描述：
pheatmap(mtx, breaks = c(0,1,2,3更别提我必须关闭对pheatmap的集群，这不是我想要做的事情。谢谢!
浏览 5修改于2017-07-05得票数 2
在R中，有一个用树状图生成热图的函数，称为pheatmap::pheatmap。minkowski是pheatmap绘制树状图的距离测量选项之一。但是，如何在函数pheatmap中设置p (明可夫斯基距离的幂)？
谢谢。
浏览 17修改于2017-06-16得票数 0
我需要用函数'pheatmap‘制作一个热图，使用UPGMA和1-pearson相关作为距离度量。我的教授声称这是默认的距离度量，尽管在我的例子中它使用‘欧几里德’作为距离度量。我的投入name = "RdYlBu")))(100
浏览 6提问于2017-12-18得票数 4
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(50), nrow = 10)colnames(li.A) <- paste0("S_", ncol = 1:5)pheatmap(li.A) 非常感谢!
浏览 255提问于2020-12-02得票数 0
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