R pheatmap比例与pheatmap之前的比例不同

Question

打印前缩放时的热图：

mat_scaled <- scale(t(mat))
pheatmap(t(mat_scaled), show_rownames=F, show_colnames=F,
         border_color=F, color=colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12))

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从-2开始缩放时，6与在pheatmap函数中使用缩放时完全不同

pheatmap(t(mat_scaled), scale="row", show_rownames=F, 
         show_colnames=F, border_color=F, color=colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12))

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其中比例设置为-6,6。

为什么会有这种差异，以及如何获得第二张图中表示的矩阵？

Answer 1

在第二张图中，您绘制了缩放矩阵mat_scaled的热图，该矩阵使用选项scale="row" of pheatmap进行了第二次缩放。

这不是比较外部和内部扩展的正确方法。

以下是解决方案：

library(gridExtra)
library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
cols <- colorRampPalette(brewer.pal(6,name="PuOr"))(12)
brks <- seq(-3,3,length.out=12)  
data(attitude)
mat <- as.matrix(attitude)

# Scale by row
mat_scaled <- t(scale(t(mat)))

p1 <- pheatmap(mat_scaled, show_rownames=F, show_colnames=F, 
         breaks=brks, border_color=F, color=cols)

p2 <- pheatmap(mat, scale="row", show_rownames=F, show_colnames=F, 
         breaks=brks, border_color=F, color=cols)

grid.arrange(grobs=list(p1$gtable, p2$gtable))

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