pheatmap默认距离度量R

Question

我需要用函数'pheatmap‘制作一个热图，使用UPGMA和1-pearson相关作为距离度量。我的教授声称这是默认的距离度量，尽管在我的例子中它使用‘欧几里德’作为距离度量。欧几里得和1-皮尔逊的相关性是相同的还是他错了？如果他错了，我怎么才能用正确的距离度量我的热图呢？

我的投入

ph=pheatmap(avgreltlog10, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, 
name = "RdYlBu")))(100), 
kmeans_k = NA, breaks = NA, border_color = "grey60",
cellwidth = 10, cellheight=10, scale = "none", cluster_rows=TRUE,
clustering_method = "average", cutree_rows = 4, cutree_cols= 2,)

R输出

$tree_row

Call:
hclust(d = d, method = method)

Cluster method   : average 
Distance         : euclidean 
Number of objects: 65 


$tree_col

Call:
hclust(d = d, method = method)

Cluster method   : average 
Distance         : euclidean 
Number of objects: 10 

Answer 1

可以通过在终端中键入没有()的函数名来轻松检查默认设置

>pheatmap

如果这样做，可以看到欧几里德被用作默认值：

... clustering_distance_rows = "euclidean", clustering_distance_cols = "euclidean", clustering_method = "complete", ...

要使用1-pearson相关性，只需将其指定如下：

cluster_rows = TRUE,
clustering_distance_rows = "correlation"

它的工作是因为，再一次，如果深入到代码中，您可以看到它调用了cluster_mat，这是这样做的：

cluster_mat = function(mat, distance, method){
...
    if(distance[1] == "correlation"){
        d = as.dist(1 - cor(t(mat)))
    }
...

更多信息在正式文件。有这么多的包，所以把东西混在一起并不少见:)