在pheatmap中设置颜色范围

Question

我是R的新手，并开始使用pheatmap来可视化处理细胞和对照细胞中基因表达的log2折叠变化。默认情况下，pheatmap将颜色键的上限设置为6，将下限设置为-2。有没有一种方法可以分配颜色，所有大于4的值都被分配给红色的最大强度，低于-1的值被分配给蓝色的最大强度，而介于-1和-1之间的值被分配给不同强度的颜色？

这是我一直使用的代码：

pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE)

我想用来做颜色：

colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))

Answer 1

colors<-colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))(255)
pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE, col=colors)