Pheatmap -注释:下标越界错误

Question

Test RData：https://www.dropbox.com/s/hy56owg4mfjuxol/Test_Data.RData?dl=0

CSV：https://www.dropbox.com/s/hs6qpoxyg54ehid/Test_Data.csv?dl=0

注释： https://www.dropbox.com/s/akv66euwh3ulia2/Test_Data_Annotation?dl=0

绘制此数据集将按预期运行：

pheatmap(t(pred.MDSC), fontsize=8)

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但是，如果我随后尝试向其添加注释(使用文件中的anno DF )：

pheatmap(t(pred.MDSC),fontsize=8,labels_col = rownames(anno), show_colnames = TRUE, annotation_col = anno)

它返回错误：

Error in annotation_colors[[colnames(annotation)[i]]] : 
  subscript out of bounds

我做错了什么？

Answer 1

为了解决这个问题，您可以先转换数据，以便重复的行名成为列名。然后将文件读取为

df <- read.csv("Test_Data.csv", row.names = 1)

pheatmap(df, fontsize=8)

这给了你

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您可以从这里获得用于绘图的数据，https://www.dropbox.com/s/vco1rd5uelyoui9/Test_Data.csv?dl=0