在arrangeGrob中使用pheatmap

Question

我尝试使用arrangeGrob()在同一个.jpg中绘制两个图。我刚刚开始学习网格和grob，我想我知道问题是什么: pheatmap是一个网格对象，包含grob对象，不允许我将其放在arrangeGrob中。这是真的吗？

我是否需要以某种方式将qplot放在一个网格中，将pheatmap放在一个网格中，然后将这些网格放入一个新的网格？

library(grid)
library(gridExtra)
library(pheatmap)
library(ggplot2)
hmdat=rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))
hm=pheatmap(hmdat)
qp=qplot(1,1)
lm=rbind(c(1,2,2),
         c(1,2,2))
jpeg("plots.jpg")
arrangeGrob(qp,hm, layout_matrix=lm)
dev.off()

上面的代码片段在使用

arrangeGrob(qp,qp, layout_matrix=lm)

Answer 1

我不确定您是想要6位数，还是想要两位数，其中一个的宽度是另一个的两倍(我试着做最少的代码更改)：

library("grid")
library("gridExtra")
library("pheatmap")
library("ggplot2")

hmdat=rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))

hm <- pheatmap::pheatmap(hmdat)
qp <- qplot(1,1)

lm <- rbind(c(1,2,2),
         c(1,2,2))
grid.arrange(grobs = list(qp,hm[[4]]), layout_matrix = lm)

这将为您提供：

​

同样，您可以并排使用多个pheatmap：

library("grid")
library("gridExtra")
library("pheatmap")

hmdat <- rbind(c(1,2,3),
            c(3,4,5),
            c(5,6,7))

hm <- pheatmap::pheatmap(hmdat)

lm <- rbind(c(1,2),
         c(3,3))
grid.arrange(grobs = list(hm[[4]],
                          hm[[4]],
                          hm[[4]]),
             layout_matrix = lm)

​

​

正如@hrbrmstr在注释中提到的，您应该使用pheatmap对象中的第4项。还要记住将grobs作为列表提供给grid.arrange