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limma包中的vennDiagram()没有从维恩图中删除框框架的选项。那么，谁能告诉我如何调整源代码来修复这个问题？我还想去掉角落里的数字。
我很感激。
浏览 1修改于2018-08-09得票数 2
我这样做是使用以下代码：
scores.batch = limma::removeBatchEffect(scores ,metadata$Cancer_Type, metadata$dataset)
浏览 4修改于2022-04-03得票数 1
我尝试使用Limma软件包来寻找几个启动子(带有重复)的差异表达基因，但我总是得到一个错误，因为我对r来说是新的，无法完全理解它。
浏览 3修改于2017-10-27得票数 0
如果我有一个带有缺失值(NA)的基因/蛋白质表达数据，那么limma包的lmFit如何处理这些值？注意，缺少的值不是在设计矩阵中，而是在数据矩阵中。下面是一个模拟的工作示例，说明了我的问题：my_genes <- matrix(rnorm(9000, -10, 10), ncol=4)
my_genes <- as.data.frame
浏览 1修改于2017-01-26得票数 1
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我需要用进行limma的RNA-Seq分析，我已经在两种情况下(没有复制)的61810份转录本的归一化计数数据，即一个61810*2矩阵。
浏览 3修改于2014-02-14得票数 0
有没有人能给我举个小例子，说明我导入到LIMMA中的微阵列数据在导入R时应该是什么样子？
我正试图从微阵列样本中破译差异调控基因。谢谢。
浏览 0修改于2017-10-27得票数 0
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下面是我的代码，用于构建线性建模函数的设计矩阵：design <- model.matrix(~0 + f)我不确定如何解释公式"~0“。我查找了?lm()，发现如果一个公式有一个隐含的截距项，可以使用y~ x -1或y~0+x删除它，但不确定这里是否存在相同的情况。
浏览 3提问于2017-12-29得票数 0
我正在使用limma来分析差异基因表达。对于建模，您需要一个设计和对比矩阵。我只想知道是否有人有使用它的经验。
假设表达来自野生型(WT)和突变体(M)，并且这些表达被刺激(S)或未被刺激(你)。
浏览 0修改于2019-08-04得票数 2
当我在标题栏上表示我的重要值时，我从经过调整的t检验(BH校正)中得到的p值是不一样的；对于这个same图，我使用了ggpubr函数stat_compare_means()，而出现的p值与用limma得到的值完全不同和简略
浏览 18提问于2022-02-16得票数 0
但是，我在topTable函数limma package中遇到了一个问题。我在windows 7下运行R3.0.2和最新的生物导体包、simpleaffy_2.38.0、limma_3.18.13和指定文件: hgu133plus2.db_2.10.1、hgu133plus2probe
浏览 2提问于2014-04-09得票数 2
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因此，我使用r和软件包Bioconductor (oligo)，(limma)来分析一些微阵列数据。
我在配对分析中遇到了麻烦。
浏览 162修改于2019-11-29得票数 2
使用来自Bioconductor的limma包时，我出现了以下错误：Error in chol2inv(fit$qr$qr, size
浏览 1提问于2016-01-23得票数 1
Package 是最好的，甚至是最好的软件包之一，用于读取微阵列和最近的RNA序列实验结果，并进行其他处理，如归一化，拟合线性模型，寻找最高差异表达基因，绘制曲线图等。我尝试将这些列的名称作为read.ilmn()的annotation和other.columns参数传递，以通知此命令也读取这些列，从而导致re
浏览 0提问于2012-10-14得票数 0
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我已经使用带有read.idat()函数的Limma包成功地将它们读入R中。但是，结果对象在目标中只有一个列："IDATfile“。
浏览 2提问于2021-04-21得票数 1
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, Words.limmapro " & _QLexeis = "SELECT Limma.limmalexeis, Words.limma, Limma.limmabody, Words.limmapro, Limma.limmaexp " & _
&qu
浏览 0修改于2017-05-23得票数 2
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