使用limma从vennDiagram图中删除框框

Question

limma包中的vennDiagram()没有从维恩图中删除框框架的选项。那么，谁能告诉我如何调整源代码来修复这个问题？我还想去掉角落里的数字。

我很感激。

Answer 1

这里有一个快速而棘手的解决方案。我修改了vennDiagram源代码，并创建了一个新的函数my.VennDiagram，我将其作为GitHub gist保留(因为vennDiagram代码相当长)。

下面是一个基于vennDiagram文档中给出的示例的示例。

library(limma)
Y <- matrix(rnorm(100*6),100,6)
Y[1:10,3:4] <- Y[1:10,3:4]+3
Y[1:20,5:6] <- Y[1:20,5:6]+3
design <- cbind(1,c(0,0,1,1,0,0),c(0,0,0,0,1,1))
fit <- eBayes(lmFit(Y,design))
results <- decideTests(fit)
a <- vennCounts(results)

library(devtools)
source_gist("https://gist.github.com/mevers/9c846e6293db44dd37695c46b8f2b6a2")
my.vennDiagram(a)

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我并不是说这对所有情况都有效。你可能需要做更多的调整。