R通过软件包limma的read.ilmn读取注释列

Question

Package limma是最好的，甚至是最好的软件包之一，用于读取微阵列和最近的RNA序列实验结果，并进行其他处理，如归一化，拟合线性模型，寻找最高差异表达基因，绘制曲线图等。

我在读取illumina结果的read.ilmn()函数中有一个小问题:假设有一些注释列-即ENTREZ_GENE_ID、REFSEQ_ID等等。除了表达式列之外，还需要读取这些列-即PROBE_ID、SYMBOL、AVG_Signal和Detection.Pval -以供以后分析。

我尝试将这些列的名称作为read.ilmn()的annotation和other.columns参数传递，以通知此命令也读取这些列，从而导致read.ilmn()失败。最后，我必须使用read.table()命令分别读取这些列，并手动将它们与read.ilmn()结果合并。

有没有更好的方法来完成这项任务？

Answer 1

我通过手动读取注释列并将其连接到read.ilmn()的列表结果，最终解决了这个问题。