我如何告诉R包Limma在read.idat()中使用什么作为“目标”？

Question

我在分析一些微阵列数据。对于每个捐献者，我有一个“干预前”和“干预后”的idat档案。我已经使用带有read.idat()函数的Limma包成功地将它们读入R中。但是，结果对象在目标中只有一个列："IDATfile“。我相信，如果我使用的是read.ilmn()，我会指定一个targets.txt文件，但是在使用read.idat()时看不到这个选项。例如，在Limma用户指南 Illumina示例中，目标是“供体”、“年龄”和“细胞类型”。我如何告诉林玛把什么作为目标？，我希望有“捐献者”和“干预”。

我所指的一个例子：

idatfiles <- dir(pattern="idat")
bgxfile <- dir(pattern="bgx")
x <- read.idat(idatfiles, bgxfile)
colnames(x$targets)
[1] "IDATfile"

而不是"IDATfile"，我希望这是“捐赠者”和“干预”。通过执行read.idat(.，dateinfo=TRUE)，我可以将原始IDAT文件的其他一些列作为进一步的目标，但是我不知道如何编辑这些列，使它们成为“捐助者”和“干预”：

[1] "IDATfile"   "ScanInfo"   "DecodeInfo"

如果需要更多的信息，请告诉我，真的很感谢你的帮助！

Answer 1

如果您想简单地编辑冒号，可以使用：

colnames(x$targets) <- c("Donor")

但是我认为行是目标数据中的样本，所以这真的是您想要的吗？

linux26 26/lib/R/library/limma/html/elist.html

目标data.frame含有目标RNA样本的信息。行对应于样本。可能有任意数量的列。