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每个基因型的RNA seq覆盖率(资料来源: pickrell等人，自然，2010年)为此，我有来自100个个人的大型文件，其中包含来自RNA-seq数据的覆盖信息(在特定区域)，并且我在R中以GenomicRanges
浏览 3修改于2020-06-20得票数 1
在GenomicRanges中，一个有趣的问题是基因岛的识别。
我正在尝试寻找相邻范围不超过特定距离的最大范围子集。为了解决这个问题，我尝试根据各个范围之间的差异来分配组。
浏览 17提问于2019-07-19得票数 1
给定两个类似于GenomicRanges的GenomicRanges： makeGRangesFromDataFrame(mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
一个人会希望Genomi
浏览 5修改于2017-05-23得票数 0
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我正在使用GenomicRanges来查找来自一个实验的哪些记录与来自另一个实验的记录重叠。DDX11L13 uc001aae.4 chr1 - 12361 21759 WASH7P
library(GenomicRanges
浏览 0修改于2013-02-04得票数 4
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我尝试在R：library(DESeq2)上加载DESeq2Loading required package: GenomicRanges object 'vI' not found
Error: package ‘GenomicRanges’ c
浏览 43提问于2020-04-08得票数 0
hg19Ideogram", package = "biovizBase")> hg19Ideogram %>% str .. .. ..@ metadata : list()
..@ seqinfo :Formal class 'Seqinfo' [package "<em
浏览 2修改于2017-07-21得票数 1
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我用下面的代码创建了以下GenomicRanges对象： library(GenomicRanges)
gr <- GRanges(seqnames = "chr1", strand = c("+",
浏览 56修改于2019-07-02得票数 0
第一个gr1是这样的：set.seed(1) seqnames=Rle(c("chr1", "chr2",
浏览 0修改于2017-12-04得票数 1
我有一个具有一些基因组间隔和一些元数据的GRanges对象(3个向量，每个区域在3个不同的样本中覆盖)。我已经申请了： disjoin(my_data) 来获得一个新的GRanges对象，该对象具有最小的一组唯一的非重叠片段。 问题是我不能在新的GRanges对象中保存元数据。我想要得到的是基因组区域的平均覆盖率，其中包括这个独特的集合。 作为一个例子，我想将这个元数据： sample1 sample2 sample31:1-4 NA 40 35
1:4-5 3
浏览 20提问于2020-03-23得票数 1
我想做这样的数据 library(Gviz)#Load data : class = GRangescpgIslands
浏览 43修改于2021-10-05得票数 0
下面是一个最小的例子：chrSizes <- c(chr1 = 1000, chr2 = 500)
bins <- tileGenome(chrSizes
浏览 75提问于2019-11-15得票数 3
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(我也尝试过在GenomicRanges对象中转换数据帧，但我仍然不知道该怎么做)
浏览 22修改于2020-03-23得票数 0
64-bit)> packageVersion("Gviz")> packageVersion("GenomicRanges我使用以下方法更新Gviz和GenomicRanges包： install.packages("BiocManager")Bi
浏览 3提问于2022-04-20得票数 1
我想进入R并在shell脚本中加载一个库来做一些分析，但是我遇到了这样的错误这是我的shell脚本我已经在bash_profile中加载了R模块) R # Enter R
library(GenomicRanges
浏览 4提问于2014-01-09得票数 1
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我希望创建一个空白的GRanges (来自package GenomicRanges)对象dynamicall。如果我们有两个替代选项，opt1和opt2，我们可以静态地编写如下：GRanges(seqnames=NULL,ranges=NULL,strand=NULL
浏览 1提问于2018-01-10得票数 1
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data.frame，我使用以下过程：clusterHits <- function(overlap.hits) overlap.hits <- GenomicRangesmerged.gr)df1 <- dplyr::filter(df, read_id == "R10")
gr <- GenomicRanges::GRanges(dplyr::select(
浏览 19提问于2021-12-17得票数 0
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start end CNA 1 25530001 25840001 gain
我使用GenomicRanges我知道bed工具是有选择的，但我很想知道是否有任何替代方法可以使用GenomicRanges获得所需的输出？
浏览 1提问于2015-04-16得票数 0
我想将生物导体中的GenomicRanges::GRanges对象存储为基R data.frame中的一列。基本上，这就是我想做的： y x
1 1 <S4 class ‘GRanges’ [packa
浏览 7修改于2019-12-17得票数 2
/usr/bin/Rscript
biocLite()
biocLite("GenomicRanges
浏览 11提问于2018-02-11得票数 1
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